BioEmu2 全流程教程与实测:微软开源全原子生物分子结构与动力学模型
作者在 Linux + conda + NVIDIA RTX 4080 SUPER 上实测微软 BioEmu2 全原子扩散模型,对腺苷酸激酶 ADK 和肌红蛋白各生成 8 个初始候选、从同一起点推进 4 条轨迹,每条 20 次、每次 50 ns,覆盖 1 μs 模型时间,80 个推进端点全部通过几何检查。
推荐理由:作者在单卡上实测微软 BioEmu2 的结构预测与时间推进流程,给出可复用的参数设置与耗时数据。
作者在 Linux + conda + NVIDIA RTX 4080 SUPER 上实测微软 BioEmu2 全原子扩散模型,对腺苷酸激酶 ADK 和肌红蛋白各生成 8 个初始候选、从同一起点推进 4 条轨迹,每条 20 次、每次 50 ns,覆盖 1 μs 模型时间,80 个推进端点全部通过几何检查。
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望石智慧在MolVortex大师班第2期展示其全栈式小分子早研智能体MolVortex针对CBL-b别构抑制剂的靶点调研与分子生成流程。该流程先做知识产权全景调研与专利解析,再自动抽取分子结构与活性数据并输出构效关系分析报告,随后以五种设计模式单批生成100个有效分子,并对接靶点口袋预测结合构象与结合打分。
BioAIDesign 发布结构预测评估指南,逐层解释 pLDDT、PAE、pTM、ipTM、pDockQ、pDockQ2、ipSAE 与 LIS 等指标分别回答局部可信度、链间相对位置还是与参考结构的准确度,并指出 ipTM 0.9 不能换算成亲和力。
推荐理由:文章把结构预测的置信度、准确度与结合证据分层拆开,并给出可复用的汇总工具与判读顺序。
加入我们在欧盟或英国的团队! https://aka.ms/bioemu_job
许多刚接触基于结构的药物发现的科学家,能直观理解如何以及何时运行对接或共折叠,但不太确定下一步该做什么。 在我们最新的博客文章《What to Do with a Pose》中,我们提供了一份关于后续步骤的快速指南: https://rowansci.com/blog/what-to-do-after-docking
期待下周在首尔@icmlconf举办的GenBio 2026研讨会。 ➡️ 高级员工ML研究科学家Pranav Murugan将展示聚光灯海报:"Few-step Cofolding with All-Atom Flow Maps",介绍DeCAF——Pearl的蒸馏版本,专为少步推理构建:https://arxiv.org/abs/2606.08375 ➡️ 关于我们自豪地联合赞助的研讨会的更多详情:https://genbio-workshop.github.io/2026/
Genesis Molecular AI 首次披露其智能体药物设计系统 Sapphire,该系统构建于其分子基础模型之上,可全天候自主迭代候选药物,对2D化学结构与3D分子构象进行推理并形成、检验假设。
David Mobley 团队发布新预印本,介绍一种用于发现蛋白-配体复合物常见模拟中采样问题的简单分析工具,其做法是统计扭转态之间的跃迁次数。作者称该方法简单但出乎意料地有用,预印本已发布于 ChemRxiv。
推荐理由:作者发布预印本,介绍一种通过统计扭转态跃迁来识别蛋白-配体复合物模拟采样问题的简单分析工具。