Recursion详解自动化DMTL化学平台
Recursion在平台系列第7篇中介绍其自动化化学平台:候选分子在计算机设计后直接进入自动化DMTL实验室,可规模化执行多步药物化学合成,并自动完成后处理、纯化与数字化样品追踪。其自研AI智能体还协助科学家规划高效合成路线;公司称因设计、合成、测试在同一集成系统内完成,消除了团队间数据交接的摩擦与时间损耗。
Recursion在平台系列第7篇中介绍其自动化化学平台:候选分子在计算机设计后直接进入自动化DMTL实验室,可规模化执行多步药物化学合成,并自动完成后处理、纯化与数字化样品追踪。其自研AI智能体还协助科学家规划高效合成路线;公司称因设计、合成、测试在同一集成系统内完成,消除了团队间数据交接的摩擦与时间损耗。
泓博医药的 DiOrion 生成式 AI 药物设计与多智能体协同研发平台入选《医药领域企业级 AI 创新应用良好实践案例》,该评选从 50 家企业 80 余个项目中遴选出近 30 个优秀实践。
🧪 #Chemistry42 全新 #FeatureFriday:类型化排除体积 排除体积并不新鲜,但类型化的排除体积是新的。现在你不仅能封锁某片空间区域,还能精确指定那里不允许出现什么:不许有芳香环、不许有氢键供体、不许有带正电的基团,随药物化学需求而定。 在这段短片中,我们用一个真实的 B-RAF 生长向量示例进行演示。 #PharmaAI #GenerativeChemistry
Recursion称其各项目在仅合成约300个化合物后即推进了高质量新候选分子,比行业平均少约90%。其AI原生引擎已产出逾10个开发候选分子,设计依托整合数百个机器学习与物理模型的Centaur平台,从靶点性质出发做生成式从头设计,并通过计算与实验的持续反馈循环迭代更新模型。
Pranam Chatterjee 转发介绍 ActFlow,这是一种持续预训练方案,通过不确定性引导探索和验证器反馈,让流模型与扩散模型扩展到新的有效区域,作者称之为可生成集合扩展,并将其定位为面向分布外生成建模的新学习原则。
推荐理由:该工作提出用不确定性引导探索与验证器反馈扩展生成模型可达的设计空间,为分布外生成提供可迁移思路。
当一个想法变成可用工具、多个团队几乎同时着手攻克它时,真是太酷了。开放 smiles 到 IUPAC 的翻译曾缺失了一段时间,而在两周内 @adrian_mirza_ 和 @NicholasRuncie 各自独立发布了相关工具。 这里的推动者是编码智能体!
b12 Labs 宣布向学术和非营利研究者免费开放其逆合成工具 Selenium,用户可通过 app.b12-labs.com 注册使用。该工具主打策略优先的合成路线规划,官方邀请研究者提交高难度目标分子或 AI 设计结构进行尝试。Andrés M. Bran 转发了这一开放消息并附上注册入口与博客链接。
Genesis Molecular AI 首次披露其智能体药物设计系统 Sapphire,该系统构建于其分子基础模型之上,可全天候自主迭代候选药物,对2D化学结构与3D分子构象进行推理并形成、检验假设。
Valence Labs 发布 AquaGen,称其为首个全原子、显式溶剂、考虑周期性边界条件的生成模型,可从玻尔兹曼分布生成分子构型。该模型用 3D 图神经网络将噪声转为药物分子与水的全原子三维排布,再以力场评估能量、以灰盒方式计算绝对水合自由能,约需数百个样本即可获得相对 MD 参考约 1 kcal/mol 误差的结果,速度约为 MD 的 10 倍。
推荐理由:介绍首个全原子显式溶剂玻尔兹曼采样模型,说明其相对分子动力学的速度与误差权衡。
Terray Therapeutics分享了其生成式合成规划器TerraSynth的工作,针对小分子药物发现中的合成瓶颈。该工具将合成规划纳入设计循环,而非事后处理,以减少生成模型提出难合成分子对DMTA循环的拖慢。TerraSynth已整合进其EMMI平台,帮助聚焦值得合成的分子以推进项目。
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit,这是一个开放的、面向智能体的工具包,为任意 AI 智能体提供蛋白质结构预测、分子对接、生成式化学和基因组分析等可调用工具。Medra 转发该消息并表示正与 NVIDIA 合作构建由智能体决定下一步运行什么、再由物理 AI 实验室执行的闭环,称期待将其投入使用。
NVIDIA 发布 BioNeMo Agent Toolkit,将十余年积累的生命科学库、工具与开放模型封装为智能体可调用的技能,覆盖蛋白结构预测、分子对接、生成式化学、基因组分析、蛋白设计与生物标志物发现。
推荐理由:英伟达把十余年生命科学库与模型封装成智能体可调用工具,并列出多家药企与平台的接入情况。
今天我们宣布,与@nvidia和@nebiusai(领先的AI云服务提供商,用于训练和推理)合作部署NVIDIA Blackwell B300 GPU的成果:我们用于药物发现的生成模型实现了超过4倍的训练加速和超过60%的推理提速。