融合 Boltz-2、OpenDDE 与 Schrödinger 的 GPCR 设计管线及 GPR84 实战
作者以 GPR84 为例,介绍一套融合 OpenDDE 生成、Boltz-2 共折叠与亲和力快筛、Schrödinger 2026-4 膜显式 MD 与 FEP+ 的 GPCR 计算设计管线。
推荐理由:以 GPR84 为例拆解 AI 生成、共折叠快筛与物理终审的分级管线,并给出激动剂与抑制剂形态差异的实操约束。
作者以 GPR84 为例,介绍一套融合 OpenDDE 生成、Boltz-2 共折叠与亲和力快筛、Schrödinger 2026-4 膜显式 MD 与 FEP+ 的 GPCR 计算设计管线。
推荐理由:以 GPR84 为例拆解 AI 生成、共折叠快筛与物理终审的分级管线,并给出激动剂与抑制剂形态差异的实操约束。
Valence Labs 的 Daniel Ramirez 撰文梳理靶向药物发现中结合亲和力预测的两条路线:基于物理的对接与分子动力学方法可泛化到新靶点和新化学型,但速度慢且需要起始结构;Boltz-2、Nesso-1 等共折叠模型速度快、无需起始结构,却会在训练数据之外无预警失效。
推荐理由:梳理结合亲和力预测从物理模拟到共折叠模型的两条路线,并说明两者互补的融合方向。
正如你的两只手互为镜像,人体内的许多分子也是如此。 但镜像并不相同,它们的差异具有生物学相关性。 这是我们的模型即使带有手性标签也可能悄然未能捕捉到的事实。 于是引入了 CIP 标签。 想了解体内化学物质如何被标记,以便 AI 工具能区分镜像,请看下方 Cristian 的视频。 完整视频:https://youtu.be/0tT-UqhHbpI
Valence Labs 介绍其置信度预测新工作,用于判断药物分子预测结果中哪些可信、哪些需回实验室补数据。推文指出生成式AI模型很少按已有证据校准置信度,在药物发现中这种虚假自信会浪费时间和资金。视频由 Tristan 讲解。
Valence Labs 构建了 Synflownet,用于生成最可能具有所需活性的可合成化合物,以提升活性分子搜索效率。该模型针对可购买分子数量达数十亿、无法逐一评估的问题,定位为“锁匠”式生成工具,而非逐个匹配的评估模型。