Atom14 与 Atom37:蛋白质设计模型如何记录原子
文章解释 Atom14 与 Atom37 两种将蛋白质原子坐标压入固定张量的布局,并比较 RFdiffusion3、BoltzGen 和 La-Proteina 在序列未知的从头设计中如何处理原子槽位。RFdiffusion3 为每个残基保留 14 个点,用虚拟原子填充未用槽位并统一去噪,序列随后由 ProteinMPNN 或 LigandMPNN 设计。
文章解释 Atom14 与 Atom37 两种将蛋白质原子坐标压入固定张量的布局,并比较 RFdiffusion3、BoltzGen 和 La-Proteina 在序列未知的从头设计中如何处理原子槽位。RFdiffusion3 为每个残基保留 14 个点,用虚拟原子填充未用槽位并统一去噪,序列随后由 ProteinMPNN 或 LigandMPNN 设计。
由艾伯维、BMS、强生等药企组成的AISB Network利用OpenFold3,在五家公司提供的20,167个蛋白质-配体复合结构上微调,私有数据受保护且不公开。
推荐理由:药企联盟用两万余条私有结构微调开源模型,为数据共享能否提升结合预测提供了对照参照。