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11月6日周五
  1. 奶牛猫的CADD实验室73

    机器学习力场SO3LR Tauri发布:训练覆盖85种元素,可模拟蛋白质与DNA体系

    研究人员发布机器学习力场SO3LR Tauri,用约1.48亿个量子化学结构训练,覆盖85种元素并提供三种规模模型。作者在Crambin蛋白质模拟中报告重原子RMSD约1.10 Å,在顺铂与DNA交联体系中无需额外约束即维持铂四配位,但水分子扩散速度约为实验值一半,单张AMD MI355X GPU上中等模型模拟5万原子体系约1.8 ns/day。代码、模型和训练数据已公开。

    推荐理由:该工作用同一机器学习力场覆盖85种元素并测试多种生物体系,同时给出水扩散偏慢与模拟速度的具体边界。

10月18日周日
8月11日周二
  1. 环肽与药物发现59

    为什么N-烷基化有利于透膜性?N/Cα双取代骨架位阻机制解读

    文章解读东京大学Jumpei Morimoto与Shinsuke Sando团队的研究,指出N-烷基肽的高被动膜渗透性除去除酰胺N–H外,还来自N/Cα双取代产生的骨架位阻约束。

    推荐理由:文章拆解东京大学团队关于N/Cα双取代骨架位阻促进肽透膜的机制研究,为口服环肽设计提供可迁移的结构判断依据。

7月27日周一
  1. 环肽与药物发现58

    JMC研究解析浅灰霉素的反向分子变色龙性

    JMC发表的研究以天然抗菌大环肽浅灰霉素为对象,结合PAMPA、Caco-2、EPSA测定与溶液NMR、蒙特卡洛构象搜索及NAMFIS分析,解析其在极性与非极性环境中的构象分布。

    推荐理由:文章解读JMC研究如何用构象集合解释大环肽渗透性反常,为环肽可开发性评估提供构象层面的参照。

5月21日周四
  1. David Mobley73

    Open Free Energy 团队发布覆盖 15 家药企的自由能方法开放基准研究

    Open Molecular Software Foundation 旗下 Open Free Energy 团队宣布完成迄今规模最大的自由能方法开放基准研究,称在 15 家制药公司参与的测试中达到经行业验证的准确度。David Mobley 转发该消息并附上 Business Wire 新闻稿链接,未披露具体误差指标或测试体系。

3月16日周一
1月8日周四