Atlas Bio完成1250万美元融资，用AI模拟预测药物应答替代动物试验
瑞士巴塞尔初创企业Atlas Bio走出隐匿模式，完成1250万美元融资，其中Creandum领投1000万美元种子轮，First Momentum Ventures与LEA Partners此前领投250万美元种子前融资。
推荐理由：融资事件同时交代了RNA表达谱训练数据、12周模拟周期与FDA非临床研究新规，可对照其替代动物试验的定位。
#虚拟细胞
智药邦精选AI 评分5858
智药邦精选AI 评分5858 扰动之心完成数千万元天使轮融资并发布虚拟细胞世界模型AlphaCell 1.0 Pro
扰动之心（PerturbMind AI）宣布完成数千万元天使轮及天使+轮融资，由清松资本领投，同杨基金及多家药企跟投，并走出隐匿模式。公司同期发布PerturbSeek™体系下的虚拟细胞状态推演世界模型AlphaCell 1.0 Pro，标准参数量1B，可裁剪至300M用于私有化部署，也可扩展至50B。
推荐理由：融资与模型发布同时披露，呈现以状态推演替代靶点中心的虚拟细胞路线及其参数弹性设计。
BioTender精选AI 评分7474 CellType推出BioSimBench细胞响应预测评测体系与BioSimGym训练环境
CellType推出BioSimBench，用真实实验数据评测模型对药物处理、基因敲低和免疫信号等干预后基因表达变化的预测，共设四个预测赛道和一个工具型科研智能体赛道。
推荐理由：该评测用真实实验数据考察模型对未见干预条件的基因表达预测，并给出各赛道留出设置与分数对照。
医药魔方精选AI 评分5858 Differentia Bio以IgG4-RD前瞻性预测获独立临床验证，推进虚拟人体模拟
Differentia Bio称其针对IgG4相关性疾病（IgG4-RD）的机制预测先后获得独立人体临床研究支持：2025年4月靶向CD19+的inebilizumab获FDA批准用于该适应症，2026年1月第三方公布的dupilumab早期研究中5名患者有4名出现临床改善及血清IgG4水平下降。
推荐理由：文章梳理了Differentia Bio先预测后获独立临床证据支持的案例，为评估AI疾病模型提供参照。
深势科技 DP Technology精选AI 评分7474 深势科技合作开发的虚拟细胞模型ProteinTalks登上Nature，并推进药效预测落地
深势科技与合作团队在《Nature》发表虚拟细胞模型ProteinTalks，将大规模动态蛋白质组与神经常微分方程预训练结合，用于药物扰动响应预测。
推荐理由：深势科技作为论文合作方，梳理了ProteinTalks在单药筛选、联用与耐药机制上的实验验证路径。
BioArt精选AI 评分7474 Cell | SPARCS：AI引导激光显微切割实现复杂图像表型的大规模遗传筛选
德国慕尼黑大学Veit Hornung与马普生化所Matthias Mann团队在Cell发表SPARCS平台，将自动化激光显微切割改造为高通量单细胞分离手段并配合深度学习图像分类器，在7000万细胞规模完成自噬体形成与STING转运的全基因组筛选。
推荐理由：该平台把激光显微切割与深度学习图像分类结合，使复杂亚细胞表型可在全基因组尺度被筛选并回溯分析。
GEN (基因工程与生物技术新闻)精选AI 评分5858 Parse Biosciences 与 Nomic Bio 合作构建 1 亿细胞免疫扰动数据集 Cascade
Parse Biosciences（QIAGEN 旗下公司）与 Nomic Bio 宣布合作生成 Cascade，一个用于理解人类免疫反应的 1 亿细胞基础数据集。
推荐理由：该合作把单细胞转录组与分泌蛋白组配对，为免疫扰动数据缺口提供规模化来源。
DrugAI精选AI 评分7474 Nat. Biotechnol.：单细胞多组学动力学模型DynaVelo预测B细胞功能缺失与恢复的扰动效应
研究人员开发了基于神经常微分方程的生成式深度动力学模型DynaVelo，联合单细胞RNA表达与转录因子结合基序可及性重建细胞状态转变向量场，并模拟基因功能缺失与挽救扰动。
推荐理由：该研究用单细胞多组学动力学模型预测基因功能缺失与挽救，并在小鼠B细胞中做了双杂合突变验证。
AI药物设计实验室精选AI 评分7070 Nature Methods 2026 研究比较四条自监督学习路线用于细胞绘画表型指纹
Walid M. Abdelmoula 等在《Nature Methods》发表大规模比较研究，用 JUMP–CP 约 177 万张未标注图像预训练四类自监督模型，并在多个独立数据集检验细胞扰动识别。
推荐理由：系统比较四条自监督表征路线在细胞绘画表型检索中的表现，为标签稀缺的高内涵成像选型提供参照。
智药局精选AI 评分5858 Flagship 合并 Cellarity、Etiome、Empress 成立 AI 制药公司 Etcelera
Flagship Pioneering 于 10 月 29 日宣布整合 Cellarity、Etiome、Empress Therapeutics 三家公司的平台技术，成立新型药物发现公司 Etcelera，由 GSK 老将 Adrian Rawcliffe 任 CEO，莫德纳联合创始人 Noubar Afeyan 为联合创始人。
推荐理由：Flagship 将三家平台公司合并为 Etcelera，其细胞状态与扰动数据整合方式为观察 AI 制药平台组织提供了案例。
下一分子精选AI 评分6060 百奥几何完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元
百奥几何宣布完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元，本轮由国寿资本领投，老股东上海生物医药基金、达晨财智继续加码，国开科创、瑞力投资、国方创投及产业方跟投，指数资本担任独家财务顾问。
推荐理由：融资事件之外，材料还梳理了GeoFlow三代迭代与RSI干湿闭环的布局，并标注公司披露数据未经独立验证。
BioAIDesign精选AI 评分7070 北大等团队在bioRxiv发布CellCompass：用AI智能体设计细胞动力学模型
北京大学周沛劼、加州大学欧文分校Qing Nie等团队在bioRxiv发布CellCompass，一套围绕实验数据选择、改写和检验细胞动力学模型的科学智能体系统。
推荐理由：预印本提出用智能体按实验线索选择与改写细胞动力学模型，并在模拟基准和四类真实数据上给出对照结果。
百奥几何BioGeometry精选AI 评分5656 百奥几何完成A+轮融资，A轮系列累计超1亿美元
百奥几何宣布完成A+轮融资，A轮系列融资累计超1亿美元，由国寿资本领投，上海生物医药基金等老股东加码，资金用于GeoFlow与GeoCell两大微观世界模型迭代、高通量自动化实验室扩建和自研管线商业化。
推荐理由：融资公告同时披露GeoFlow与GeoCell的模型演进路线和管线时间表，可对照其平台与商业化节奏。
LeapFun精选AI 评分6060 UCL与剑桥团队在Cell Reports Medicine发表三阴性乳腺癌肿瘤数字孪生研究，疗效预测准确率74%
伦敦大学学院联合剑桥大学在Cell Reports Medicine发表研究，用符号AI基于患者基因组信息构建个性化三阴性乳腺癌肿瘤数字孪生，在PARTNER试验31名患者数据上回顾性模拟化疗及化疗联合奥拉帕利等方案，疗效预测准确率为74%。
推荐理由：研究用符号AI为三阴性乳腺癌患者构建肿瘤数字孪生，在31例回顾性数据上给出疗效预测与联合用药假设。
BioArt精选AI 评分7878 Cell发表Tahoe-100M：亿级单细胞图谱解码药物扰动下肿瘤细胞分子表型
Tahoe Therapeutics的Johnny Yu与Hani Goodarzi团队在Cell发表Tahoe-100M，构建覆盖50株肿瘤细胞系、379种小分子药物、约1100组药物-剂量条件的亿级单细胞药物扰动转录组图谱。
推荐理由：该图谱以亿级单细胞数据刻画药物扰动表型，并揭示同靶点药物的周期效应差异，为扰动预测模型提供训练资源。
Ginkgo Datapoints · Updates精选AI 评分6262 VCPI 发布 ReFRAME 化合物库 DRUG-seq 图谱，覆盖 12,949 个化合物并以 CC BY 4.0 开放
虚拟细胞药理学计划（VCPI）发布其迄今最大规模的数据集，为 ReFRAME 药物重定位化合物库提供阵列式 DRUG-seq 转录组图谱，覆盖 12,949 个化合物。数据在 THP-1 细胞中以 10 μM 剂量、每孔一个化合物进行筛选，注册用户可在 thevirtualcell.com 免费获取，并以 CC BY 4.0 开放。
推荐理由：该发布提供覆盖近1.3万临床阶段化合物的转录组扰动数据，可作为药物响应与虚拟细胞研究的公开数据资源。
BioTender精选AI 评分6969 预印本《Plausibility Is Not Prediction》指出虚拟细胞扰动预测的评测漏洞
Xinyu Yuan、Xixian Liu 等人的预印本《Plausibility Is Not Prediction》检验细胞扰动二分类差异表达预测，发现忽略扰动身份的 Gene-prior Voting 基线在 C32 黑色素瘤任务总体 AUROC 仍达 0.990，但改为同基因内比较扰动的 macro-per-gene 评测后该基线 AUROC 只有 0.500。
推荐理由：研究用分基因评测揭示总体 AUROC 高分可能绕开扰动区分，为虚拟细胞扰动预测的评测方式提供参照。
医药魔方精选AI 评分7171 阿斯利康与insitro达成MASH与心肌病独家合作，首付4000万美元
insitro与阿斯利康达成全球独家研究合作，针对MASH与心肌病开展新靶点与创新疗法发现，insitro获4000万美元首付款，并有资格获得最高约14.6亿美元里程碑付款及个位数比例销售提成。
推荐理由：梳理阿斯利康与insitro的MASH与心肌病合作条款，并拆解insitro虚拟人类平台从靶点发现到分子设计的链路。
BioArt精选AI 评分7070 陈洛南团队在Nature Methods发表CauTrigger，用层级因果分解解析生物系统状态转变与导航
上海交通大学陈洛南团队与东京大学合原一幸团队在Nature Methods发表CauTrigger，将深度潜变量建模与基于do-calculus的干预性因果推断结合，从组学数据中识别状态转变的潜在触发因素及级联因果路径，并做虚拟扰动预测。
推荐理由：该框架把驱动因素识别、级联路径与虚拟扰动预测串成一条链，为状态转变研究提供可复用的分析思路。
Marinka Zitnik精选AI 评分5858 CONCERT：预测基因扰动效应在组织中传播的生成模型
Marinka Zitnik 团队提出生成模型 CONCERT，用于预测基因敲除等扰动效应如何从被扰动细胞扩散到邻近组织区域。作者指出同一敲除在肿瘤核心与组织边界可产生不同响应，相关预印本已发布于 bioRxiv（10.1101/2025.11.08.686890v3）。
推荐理由：该预印本提出跨组织传播扰动效应的生成模型，为空间语境下的扰动响应预测提供参照。