Corin Wagen:GPT-6.1 Sol 用 OrbMol 神经网络势在约 48 小时内复现显式溶剂 QM 自由能结果
Corin Wagen 表示,当年团队仅能勉强用显式溶剂 QM 自由能计算证明此前的隐式溶剂机理有误;如今 GPT-6.1 Sol 借助 OrbMol 神经网络势,在约 48 小时内以更少近似完全复现了该结果。他未披露具体体系、计算设置与误差对照。
推荐理由:作者以亲历者视角对比当年显式溶剂 QM 自由能计算与 GPT-6.1 Sol 复现,呈现计算化学工作方式的变化。
Corin Wagen 表示,当年团队仅能勉强用显式溶剂 QM 自由能计算证明此前的隐式溶剂机理有误;如今 GPT-6.1 Sol 借助 OrbMol 神经网络势,在约 48 小时内以更少近似完全复现了该结果。他未披露具体体系、计算设置与误差对照。
推荐理由:作者以亲历者视角对比当年显式溶剂 QM 自由能计算与 GPT-6.1 Sol 复现,呈现计算化学工作方式的变化。
Martin Pacesa 表示,现在可以使用 BindCraft2 的去靶向(detargeting)功能。他引用 Adaptyv Bio 的说明称,Anthropic x Adaptyv 蛋白质设计竞赛第 5 题要求设计只结合 KRAS 突变片段、不结合健康版本的结合剂,以便免疫系统识别并攻击癌细胞,提交截止日期为 11 月 8 日,之后将挑选最佳设计在实验室测试。
推荐理由:作者借 Adaptyv 的 KRAS 突变选择性结合剂挑战,提示可用 BindCraft2 的去靶向功能处理健康蛋白脱靶问题。
Anthropic与Adaptyv蛋白质设计竞赛第4期在proteinbase开放,任务是设计靶向TfR1特定区域的pH敏感结合剂,帮助药物穿越血脑屏障进入大脑。TfR1在血脑屏障高表达,可将载铁转铁蛋白带入细胞;药物与TfR1结合剂融合后被细胞吸收,pH敏感结合剂在内涵体内释放,再从面向大脑一侧离开细胞递送治疗药物。
推荐理由:比赛把pH敏感TfR1结合剂设计设为任务,可了解血脑屏障递送对结合区域与pH响应双重要求。
Anthropic × Adaptyv 蛋白质设计竞赛第三题开放,要求参赛者设计能激活 GLP1R 的蛋白质。GLP1R 是司美格鲁肽(Ozempic、Wegovy)和替尔泊肽在 2 型糖尿病与肥胖中作用的受体。
Adaptyv Bio 宣布 Anthropic x Adaptyv 蛋白设计竞赛第二期,目标是设计优于现有药物的 TNF-α 结合剂,并能在细胞内体 pH 6.0 条件下选择性释放以改善药物半衰期。设计要求还包括同时结合人源和小鼠 TNF-α,以便在临床前模型中测试同一设计。
推荐理由:比赛把 TNF-α 结合剂设计放到 pH 6.0 选择性释放和跨人鼠结合的双重约束下,可观察设计如何兼顾亲和力与可开发性。
PostEra 宣布 EMD Serono(默克集团美国医疗健康业务)已收购其两个针对生育适应证的项目。公告未披露交易金额、项目代号、所处研发阶段及具体适应证。
推荐理由:PostEra 将两个生育相关项目出售给 EMD Serono,可观察 AI 制药平台资产被跨国药企收购的路径。
PostEra 表示其内部管线启动已满三年,已产出针对 PMOS 和不孕症的两个临床候选化合物,并将其归功于 AI 平台 Proton 与药物发现、工程团队的协作。推文未披露两个候选化合物的具体分子、靶点、临床阶段或数据。
推荐理由:PostEra 自建管线三年后披露两个临床候选化合物,可观察其 AI 平台 Proton 从算法到管线的落地路径。
虚拟细胞药理学倡议(VCPI)发布首个开源转录组数据集,在 THP-1 细胞中以 6 个剂量(0.03 至 10 µM)、24 小时处理约 2280 个小分子,采用阵列式 DRUG-seq 获得化合物特异的转录组谱。
推荐理由:VCPI 首次公开约 2280 个小分子的 THP-1 转录组数据,为虚拟细胞药物响应模型提供可复用训练集。