Genesis Molecular AI 在 NeurIPS 2026 论文中报告，其方法在分子优化任务上达到与最强推理时搜索相同的性能，同时 oracle 调用次数减少 58 倍。该推文指出，预训练分子生成器掌握化学规律但不了解具体靶点，论文聚焦离散扩散设计选择对反馈效率的影响。
推荐理由：该论文比较离散扩散分子生成中不同设计选择对反馈效率的影响，为优化时的 oracle 调用预算提供参照。
Caltech 的 Trevor Chen 与 @ariel_1214_ 共同主导，联合 Genesis 团队（@edunov、@gruver_nate）等作者发布论文 arXiv:2607.02834，并在 GitHub 开源代码 DDAMO。材料未披露研究任务、方法细节与实验结果。
深势科技与合作团队在《Nature》发表虚拟细胞模型ProteinTalks，将大规模动态蛋白质组与神经常微分方程预训练结合，用于药物扰动响应预测。
推荐理由：深势科技作为论文合作方，梳理了ProteinTalks在单药筛选、联用与耐药机制上的实验验证路径。
Fox Chase Cancer Center的Roland Dunbrack在bioRxiv发表预印本，将原本用于蛋白—蛋白相互作用的ipSAE评分扩展到蛋白—小分子、蛋白—核酸体系，以蛋白为对齐参照评估整个配体位置并调整归一化方式。
推荐理由：预印本把界面置信度评分扩展到蛋白—小分子与核酸体系，并给出留出集上的分类表现与失效案例。
Molence 基于 Mol-1 的早期检查点搭建了内部从头 VHH 设计平台，设计以 VHH-Fc 融合形式在自有湿实验中测试，覆盖全部 17 个多样化靶点并均获得结合命中。靶点层面的初始命中率在 6% 至 63% 之间，涵盖可溶性蛋白、受体胞外域和 GPCR，包括 BCMA、4-1BB、TNFR2、IL-4Rα、CCR8、CXCR4、CXCR6 与 CCR5。该平台将分子预测与经实验测试的抗体设计相连接。
推荐理由：Molence 披露其内部 VHH 设计平台在 17 个靶点上的湿实验命中率区间，可作为从头结合剂设计的实测参照。
Molence报告在4-1BB靶点上用第一轮实验结果指导第二轮设计，功能命中数从第一轮2/30提升到第二轮51/60，功能命中率由7%升至85%。在0.03 nM下，51个第二轮激动剂中有48个超过Utomilumab阳性对照的平均激活水平，结果以VHH-Fc形式测得。同系列引文还称，针对BCMA的零样本设计30个中有12个结合命中，两个VHH-Fc候选的SPR KD为43 pM和1.1 nM，细胞表面BCMA结合EC50为0.19和0.16 nM，同一实验体系中belantamab生物类似药为4.1 nM。
推荐理由：材料展示了单轮实验反馈后功能命中率从7%升至85%的设计迭代结果，可作为蛋白设计干湿闭环的参照。
Molence 称其 Mol-1 流程设计的两个 VHH-Fc 融合分子在 6 小时报告基因实验中激活 4-1BB，EC50 分别为 0.05 和 0.22 nM，对照 Utomilumab 为 0.43 nM。VHH 01 的 SPR KD 为 3.5 nM，两个设计均表现出高单体纯度、热稳定性和低自相互作用等理化性质。作者引用的前序内容显示，借助第一轮实验结果指导第二轮设计，功能性命中率从 2/30 提升到 51/60，其中 48 个在 0.03 nM 下超过 Utomilumab 阳性对照的平均激活水平。
推荐理由：Molence 展示其 Mol-1 流程设计的 VHH-Fc 在 4-1BB 激动活性上优于 Utomilumab 对照，并给出可开发性指标。
Molence 报告其计算设计的 VHH 以 VHH-Fc 融合形式结合表达 CXCR6 的细胞，EC50 为 39 nM。在 cAMP 实验中，30 nM CXCL16 使响应降至仅含 forskolin 对照的 70.6%，加入 167 nM 该 VHH 后恢复至 92.6%，作者据此认为该结合剂拮抗 CXCL16 诱导的 CXCR6 信号。
推荐理由：该设计通过细胞结合与 cAMP 回复实验，给出计算设计 VHH 拮抗 CXCR6 信号的具体证据。
Molence报告其设计的VHH可识别两种非直系同源细胞因子，二者无空位序列一致性为54%。30个设计以VHH-Fc融合形式测试，其中5个同时结合两种抗原，同一设计集对细胞因子A和B分别得到11个和7个命中。作者称双抗原识别可作为设计流程中的明确目标。
推荐理由：作者以双抗原识别为明确设计目标，报告30个设计中5个同时结合两种细胞因子的实验结果。
Molence 对 30 个设计的 VHH-Fc 候选在 13 个靶点上做了四项生物物理筛选，23 个候选至少满足四项标准中的三项。分项通过率为 HIC 疏水性 80.0%、DSF 热稳定性 80.0%（Tm1 > 60°C）、AC-SINS 自相互作用 83.3%、BVP 非特异性结合 70.0%，13 个靶点中有 12 个至少有一个候选满足三项及以上标准。作者称这些结果可用于挑选进入后续开发的分子。
推荐理由：30 个 VHH-Fc 候选在 13 个靶点上的四项生物物理筛选通过率，为设计分子的可开发性筛选提供参照。
Molence 针对 TNFR2 和 IL-4Rα 的天然配体结合区设计 VHH，在顺序 BLI 竞争实验中，预先结合 TNFα 或 IL-4 会降低相应设计 VHH 的后续结合。作者称这些实验支持 VHH 识别预期区域，将表位定向设计目标与实验证据相连。此前该系列报告 30 个 VHH-Fc 候选跨 13 个靶点的四项生物物理筛选结果，其中 23 个至少满足四项中的三项。
推荐理由：该工作把表位定向设计目标与BLI竞争实验证据相连，展示了设计VHH结合位点可被实验检验的路径。
Molence 公布 Mol-1-constraint，在提供表位信息时，四个抗体-抗原基准上 DockQ > 0.23 的成功率均高于基础模型：FoldBench-AB 从 75.0% 升至 88.3%，AF3-AB 从 62.7% 升至 84.2%，PXMeter-AB 从 58.3% 升至 77.5%，MolBench-AB-26 从 57.3% 升至 79.4%。作者称表位可作为预测输入，基础模型与 Mol-1-constraint 均可在 lab.molence.com 获取。该帖为系列第 14 条，引用内容另报告 Mol-1 在 MolBench-Peptide-26 上的肽-蛋白预测结果。
推荐理由：Molence 公布 Mol-1-constraint 在四个抗体-抗原基准上的表位条件预测结果，可与基础模型逐项对照。
Molence 发布 Mol-1 agent，称可在单张 NVIDIA H20 上完成大型蛋白组装预测，在 10 例评测（8,000–60,120 残基）中 8 例 TM-score ≥0.9。
推荐理由：Molence 公布 Mol-1 在大型蛋白组装上的自评结果，并主动说明与 Anthropic 结果并非受控对比。
Molence 报告其从头设计的 BCMA 结合剂在零样本条件下取得 43 pM 的 SPR 亲和力。30 个设计中 12 个为结合命中，两个候选以 VHH-Fc 融合形式测得 SPR KD 分别为 43 pM 和 1.1 nM。两者结合细胞表面 BCMA 的 EC50 为 0.19 和 0.16 nM，同一实验体系中 belantamab 为 4.1 nM。
推荐理由：材料给出从头设计的 BCMA 结合剂从 SPR 亲和力到细胞表面结合的实测数据，并设了 belantamab 对照。
NVIDIA 在 10 月 28 日的技术报告中提出 BindClaw，一套智能体辅助的蛋白结合剂设计流程，可从生物学目标或论文出发识别靶点与结合位点、建立抑制或降解等五类机制相关计算测定，再调用 RFD4-Proteina、Proteina-Complexa 等后端生成并迭代候选物。
推荐理由：NVIDIA 技术报告把机制相关计算测定嵌入蛋白结合剂设计流程，并给出钙调蛋白状态选择性的湿实验数据。
Genesis Molecular AI 与 Caltech 合作的 NeurIPS 2026 论文研究离散扩散分子生成模型在测试时如何分配算力，其在线适应框架仅用 86 次 oracle 评估即追平最强推理期搜索基线 Beam Search 约 5000 次评估的表现。
推荐理由：研究系统拆解在线适应式分子优化的四个设计选择，并给出何时值得用在线适应而非推理期搜索的判据。
Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作，六名科学家用 Claude 结合自有模型、计算工具和湿实验数据，重构用于实体瘤的 CAR-T 受体。重新设计的信号组件比标准设计缩短约 70%，为新增功能留出空间，并在实验室测试中提升了对癌细胞的杀伤。相关结果以预印本形式发布，公司称该流程把数年工作压缩到数月、成本仅为原方案的一小部分。
推荐理由：Generate:Biomedicines 与 Anthropic 合作重构 CAR-T 胞内信号域，展示大模型参与蛋白设计的可迁移流程。
Molence 发布开源生物分子智能模型 Mol-1，在 FoldBench-AB 上以 DockQ > 0.23 为判定标准取得 75.0% 中位成功率，接近 IsoDDE 已公布的 75.58%。作者称评测覆盖 32 个随机种子产生的全部 201,376 种五种子组合，其中 62.22% 达到或超过 75% 成功率。引用内容还提到单张 H20 上可处理 60k token 组装、VHH 结合命中率最高 63%、最佳 SPR KD 为 43 pM，模型已在 GitHub 与 lab.molence.com 开放。
推荐理由：作者公开 Mol-1 在 FoldBench-AB 上的评测细节，并给出与 IsoDDE 已公布结果的对照，便于判断其结构预测水平。
IPD与NVIDIA于10月公开RFD4-Proteina的代码与模型权重，模型把序列与结构放进同一生成过程，并提供候选搜索与评估入口，核心许可为BSD 3-Clause。
推荐理由：结合开源入口、计算基准口径与两组湿实验，给出团队自评该蛋白设计模型是否值得采用的判断框架。
分子之心在Zenodo发布扩展版MMDesign技术报告，覆盖18个靶点、19个设计项目，涉及VHH与大环肽两类模态，报告称18个项目获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%。
推荐理由：报告汇总19个设计项目的湿实验命中情况，并区分项目成功率与候选命中率，为评估生成-过滤-验证流程提供具体参照。