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开源RBFE协议复现大环肽PCSK9骨架修饰

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AI 综述

Audrius Kalpokas 等人在 ChemRxiv 发布预印本，以 Tucker 等针对 PCSK9 的大环肽抑制剂构效关系数据为基准，测试开源相对结合自由能（RBFE）协议能否复现骨架修饰带来的亲和力变化。方法覆盖埋藏骨架 N-甲基化、烯烃改造、开环和净电荷变化等变换，并用 OpenFF 力场与图神经网络部分电荷自动参数化非天然氨基酸。作者比较了三种分析协议，区别在于如何处理平衡与相关采样，并同时报告逐边（edgewise）误差和最大似然估计绝对自由能后的表现。在最严格的一种协议（自动检测平衡）下，该系列以逐边 RMSE 0.93 kcal mol−1（95% CI 0.74–1.10）被复现。

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最新进展11月11日 12:14

开放 RBFE 协议在大环肽 PCSK9 系列中复现骨架修饰

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沿着报道，了解事件的不同侧面。

11月11日

12:14
ChemRxiv Preprints精选
开放 RBFE 协议在大环肽 PCSK9 系列中复现骨架修饰
该预印本以 Tucker 等针对 PCSK9 的大环肽抑制剂构效关系数据为基准，测试开源相对结合自由能（RBFE）协议能否复现骨架修饰带来的亲和力变化。方法覆盖埋藏骨架 N-甲基化、烯烃改造、开环和净电荷变化等变换，并用 OpenFF 力场与图神经网络部分电荷自动参数化非天然氨基酸。

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可比范围峰值: 1011月11日 13:00
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