ChemRxiv Preprints· Kalpokas, Audrius·· 2 天前精选AI 评分68
开放 RBFE 协议在大环肽 PCSK9 系列中复现骨架修饰
Alchemical Free Energy Methods Reproduce Scaffold Modifications in a Macrocyclic Peptide PCSK9 Series
AI 导读
该预印本以 Tucker 等针对 PCSK9 的大环肽抑制剂构效关系数据为基准，测试开源相对结合自由能（RBFE）协议能否复现骨架修饰带来的亲和力变化。方法覆盖埋藏骨架 N-甲基化、烯烃改造、开环和净电荷变化等变换，并用 OpenFF 力场与图神经网络部分电荷自动参数化非天然氨基酸。
推荐理由
该预印本用大环肽 PCSK9 系列的构架改造检验 FEP 协议，为复杂化学变换的相对结合自由能计算提供误差参照。
来源：ChemRxiv Preprints · chemrxiv.org