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西湖大学等团队在Nature发表蛋白设计模型Pinal

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AI 综述

西湖大学原发杰、刘建明,香港科技大学(广州)卢泓远和中国科学院深圳先进技术研究院司同等团队在 Nature 发表论文,提出约160亿参数的蛋白质生成模型 Pinal:用户用自然语言描述目标功能,模型先经 T2struct 生成结构符号序列,再由 SaProt-T 逆折叠设计氨基酸序列,无需预先指定结构或序列约束。模型基于约17亿合成蛋白-文本对训练。 在绿色荧光蛋白、PETase、醇脱氢酶和 H 蛋白四类任务中,候选蛋白经实验筛选后表现出预期功能。据 iNature 报道,一种 Pinal 设计的 H 蛋白无需迭代实验优化,用于多酶 CO₂ 固定体系后,产物滴度比天然大肠杆菌 H 蛋白提高 1.7 倍;后续报道给出该设计蛋白为 pinalH02,在42℃反应12小时后甘氨酸浓度达11.1 mM。另有报道称,20个与已知蛋白差异较大的设计中17个成功表达。 研究团队强调,Pinal 不能替代实验验证;若要指定荧光蛋白的精确发射波长,或让酶达到特定工业条件下的最优性能,仍需进一步模型发展、实验筛选和工程优化。后续报道还提到,与天然 avGFP 相比,pinalGFP 在溶液中的寡聚状态更复杂,仍有优化空间。

AI 根据报道生成 · 11 小时前更新

报道时间线

沿着报道,了解事件的不同侧面。

11月8日
  1. 智药邦精选
    西湖大学原发杰等发表Nature论文:160亿参数模型Pinal用自然语言驱动蛋白质设计

    西湖大学、浙江大学、香港科技大学(广州)、中科院深圳先进院等团队在《Nature》发表论文,开发160亿参数的蛋白质基础模型Pinal,直接根据自然语言功能描述生成蛋白质结构与序列。

11月5日
  1. iNature
    Nature正刊:160亿参数模型Pinal用自然语言设计功能蛋白,H蛋白产量提升1.7倍

    160亿参数的蛋白质基础模型Pinal基于17亿对合成注释的蛋白质-文本对训练,可通过自然语言描述直接生成候选蛋白。在荧光蛋白、PET水解酶、醇脱氢酶和代谢H蛋白四项设计任务中,实验均观察到预期功能及催化活性;未经迭代实验优化,其设计的H蛋白在多酶一氧化碳固定通路中产品滴度较对应原生大肠杆菌H蛋白提高1.7倍。计算评估显示候选兼具高预测可折叠性、功能描述比对和序列多样性。

11月4日
  1. 王初课题组
    Nature:西湖大学等团队提出Pinal,用自然语言可编程设计功能蛋白质

    西湖大学原发杰、刘建明团队与香港科技大学陆鸿元、中科院深圳先进院司同团队在Nature发表Pinal,可直接以自然语言功能描述生成可实验测试的蛋白质序列。Pinal采用文本到Foldseek 3D结构token再到序列的两阶段生成框架,参数规模160亿,训练数据为约17亿蛋白–文本对。

11月3日
  1. DrugAI精选
    Nature:西湖大学等开发160亿参数模型Pinal,用自然语言设计功能蛋白质

    西湖大学原发杰、刘建明,香港科技大学(广州)卢泓远和中国科学院深圳先进技术研究院司同等人在 Nature 发表约160亿参数的蛋白质生成模型 Pinal,以自然语言功能描述为输入,经 T2struct 生成结构符号序列、SaProt-T 逆折叠设计氨基酸序列。

10月29日
  1. AI蛋白质
    西湖大学等发表Pinal模型,用自然语言直接设计蛋白质

    西湖大学等发表Pinal模型,可直接用自然语言描述设计蛋白质,模型有160亿参数、训练数据17亿对,先根据文字生成三维骨架再填入氨基酸序列。研究在荧光蛋白、降解塑料的酶等四个任务上均获成功,其中参与固碳的H蛋白产物比天然大肠杆菌高1.7倍,且一次设计即成功;另挑20个与已知蛋白差异较大的设计进行表达,17个成功造出。该工作发表于Nature。

10月28日
  1. AI蛋白质精选
    西湖大学等在Nature发表Pinal:用自然语言编程设计功能蛋白质

    西湖大学等机构在Nature发表Pinal,一个160亿参数的基础模型,可直接从自然语言功能描述生成候选蛋白质。模型在17亿合成蛋白质-文本对上训练,采用文本到结构再生成序列的两阶段框架,在荧光蛋白、PET水解酶、醇脱氢酶和代谢H蛋白四个任务中均实验观察到预期功能。其中设计的pinalH02在多酶CO₂固定通路中甘氨酸滴度达11.1 mM,比天然大肠杆菌H蛋白高1.7倍,且无需迭代实验优化。

10月27日
  1. AI蛋白质
    西湖大学等团队在Nature发表Pinal:用自然语言描述直接设计功能蛋白质

    西湖大学、香港科技大学(广州)与中国科学院深圳先进技术研究院团队在Nature发表研究,开发160亿参数的生成式蛋白质基础模型Pinal,可根据自然语言功能描述直接生成候选蛋白质序列。

10月23日
  1. iNature精选
    西湖大学Pinal模型登《Nature》:用自然语言一句话设计功能蛋白质

    西湖大学原发杰、刘建明等团队在Nature发表研究,提出160亿参数的蛋白质基础模型Pinal,可依据自然语言功能描述直接生成候选蛋白序列与结构,训练数据为17亿合成蛋白-文本对。

10月22日
  1. 奶牛猫的CADD实验室精选
    西湖大学团队在 Nature 提出蛋白设计模型 Pinal,可用自然语言描述功能

    西湖大学等团队在 Nature 发表研究,提出蛋白质设计基础模型 Pinal,用户可用自然语言描述目标功能而无需预先指定结构或序列约束。Pinal 先将功能描述转换为代表蛋白局部三维结构的 3Di Token,再由 SaProt-T 生成氨基酸序列,模型约 160 亿参数,使用 17 亿蛋白质—文本对训练。

10月21日
  1. BioArt精选
    西湖大学等团队在 Nature 提出自然语言驱动的功能蛋白设计模型 Pinal

    西湖大学、香港科技大学(广州)、中国科学院深圳先进技术研究院等团队在 Nature 发表 Pinal,一个以自然语言功能描述为输入、输出候选蛋白序列及结构表征的蛋白质设计模型。

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