Dunbrack将ipSAE扩展至配体与核酸打分
先了解这件事
Fox Chase Cancer Center的Roland Dunbrack在bioRxiv预印本中，将原本用于蛋白—蛋白相互作用的ipSAE评分扩展到蛋白—小分子配体、蛋白—核酸及原子离子参与的复合物。对蛋白—配体，方法以蛋白残基为对齐参照、对配体全部重原子打分且不设PAE截断，d0固定为2 Å。 作者从FoldBench选取102个蛋白—配体复合物，20个用于确定参数和阈值，82个作留出测试集，以配体RMSD≤5 Å为“大致正确”标准。在留出集上，AlphaFold 3采用阈值0.5、Boltz-2采用0.8，平衡准确率分别为93.8%和86.2%。这些数字来自作者自述的基准评测，尚未见独立验证。 蛋白—DNA基准支持同一方向性打分方案；蛋白—RNA基准规模较小，作者称仍需更大、更多样的基准。
AI 根据报道生成 · 4 天前更新
报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
- 澪乃ゆい预印本论文探讨共折叠模型预测对齐误差的方向性对多样分子复合物打分的作用
作者转发了一篇 bioRxiv 预印本，题为 Rēs ipSAE adhūc loquuntur: What the directionality of predicted aligned error in cofolding models can tell us about scoring diverse molecular complexes，链接为 https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.11.02.763449v1。作者本人只补充说明标题是拉丁语「事实自会说话」的文字游戏，暗藏手法名 ipSAE，并可解读为 PAE 仍有可说的内容。
- 澪乃ゆい精选预印本探讨共折叠模型预测对齐误差的方向性如何用于多样分子复合物打分
作者在 X 上分享一篇 bioRxiv 预印本，讨论共折叠模型预测对齐误差（predicted aligned error）的方向性能为多样分子复合物的打分提供什么信息。原文未披露具体方法、数据集与评测结果。
- 澪乃ゆい研究将 ipSAE 指标扩展至蛋白–配体与核酸复合体可信度评估
一项研究针对 AlphaFold 3 和 Boltz-2 所用 ipTM 的局限，利用 PAE 的方向性提出指标 ipSAE，并将其扩展和验证到蛋白–配体及蛋白–核酸复合体。作者称该指标在配体摆放的可信度评估上显示出有希望的结果，具体数据与验证设置未在推文中给出。
- 下一分子精选Dunbrack团队将ipSAE扩展至小分子与核酸复合物置信度评估
Fox Chase Cancer Center的Roland Dunbrack在bioRxiv发表预印本，将原本用于蛋白—蛋白相互作用的ipSAE评分扩展到蛋白—小分子、蛋白—核酸体系，以蛋白为对齐参照评估整个配体位置并调整归一化方式。
- bioRxiv · Bioinformatics精选Dunbrack 将 ipSAE 扩展至蛋白-配体与核酸复合物评分
Dunbrack 将基于预测对齐误差的 ipSAE 评分从蛋白-蛋白复合物扩展到蛋白、核酸、小分子配体与原子离子参与的相互作用，对每对分子明确指定比对框架来源、被评分 token 与 d0 定义。
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