基因相似性框架量化先验知识与扰动响应一致性

Park 等作者提出基因相似性框架，量化八类生物先验知识之间、以及先验知识与六套 Perturb-seq 数据中功能与调控关系的一致性。在全基因组和必需基因筛选中，先验一致性分别解释共功能一致性方差的 30–47%、共调控一致性的 35–43%。 与 Perturb-seq 响应的一致性在必需基因中更高，在转录因子和信号基因中更低，并随基因表达特征和细胞环境变化。在三个引入先验知识的模型中，对扰动响应关系与先验知识更吻合、且与训练扰动更相似的靶点，预测更准确；这种关联的强度随模型、数据集以及训练—测试相似性的先验来源不同而变化。

AI 根据报道生成 · 3 天前更新