孔板孔位效应混淆单细胞扰动筛选评估
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孔板孔位效应混淆单细胞扰动筛选评估
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AI 综述
Ghajari 等作者在 bioRxiv 发表预印本称,基于 90 种细胞因子筛选、两项化合物筛选、四个队列与模拟,孔板孔位效应解释了丰度较高细胞类型中大部分重复对照变异,对照孔携带共同偏移,相同对照孔在标准阈值下差异表达基因可达数百个,数量约与两种受体阴性蛋白相当。 作者据此指出,标准评测会受这一混杂影响:一个在标准评估下得分低于“扰动无关”预测器的深度学习模型,在三种细胞类型中的两种里,对扰动特异性差异的表现优于简单基线(其中一种在更严格对照下显著),但对与惰性孔共享的成分预测较差。
AI 根据报道生成 · 2 天前更新
最新进展11月6日 08:00
研究揭示单细胞扰动筛选中的孔板设计混杂供体差异与模型评测报道时间线
沿着报道,了解事件的不同侧面。
11月6日
- bioRxiv · Bioinformatics精选研究揭示单细胞扰动筛选中的孔板设计混杂供体差异与模型评测
该预印本基于90种细胞因子筛选、两项化合物筛选、四个队列与模拟,指出孔板孔位效应解释了丰度较高细胞类型中大部分重复对照变异,对照孔携带共同偏移,相同对照孔在标准阈值下差异表达基因可达数百个,数量约与两种受体阴性蛋白相当。
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