层粘连蛋白五肽结合NRP-1的预测与实验验证
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层粘连蛋白五肽结合NRP-1的预测与实验验证
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AI 综述
Veltri与Lovas发表预印本，用AlphaFold 3复合物预测、分子动力学模拟和FoldX评分比较层粘连蛋白衍生五肽Ac-Tyr-Ile-Gly-Ser-Arg-NH2（peptide 1）及其retro、retro-inverso类似物与NRP-1的VEGF-A165结合口袋的结合。预测显示peptide 1对该口袋的平均平衡占据率最高，为60.3±34.6%，高于两种类似物的25.9±32.7%和21.4±29.5%，并采样到Asp320、Tyr297、Tyr353等口袋残基的相互作用；但三种肽的FoldX结合能估计相近。 作者用重组NRP-1与合成肽进行nanoDSF测定，三种肽的表观解离常数均在低微摩尔范围（12.7–33.3 µM），称这为预测的相互作用提供了实验支持。上述占据率与结合能均为计算预测结果，nanoDSF仅给出结合层面的实验佐证。
AI 根据报道生成 · 9 天前更新
最新进展10月30日 08:00
层粘连蛋白衍生肽结合 Neuropilin-1 的 VEGF-A165 结合口袋报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
10月30日
- bioRxiv · Biophysics层粘连蛋白衍生肽结合 Neuropilin-1 的 VEGF-A165 结合口袋
AlphaFold 3 复合物预测结合分子动力学与 FoldX 评分显示，层粘连蛋白衍生五肽 Ac-Tyr-Ile-Gly-Ser-Arg-NH2（peptide 1）对 NRP-1 经典 VEGF-A165 口袋的平均平衡占据率最高，为 60.3 ± 34.6%，高于其 retro（25.9 ± 32.7%）和 retro-inverso（21.4 ± 29.5%）类似物。
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