口袋相似性用于蛋白靶点选择

Garcia-Cerqueda 等提出以口袋相似性而非序列或折叠相似性作为选择代表性蛋白靶点的标准，用于 Target 2035 大规模蛋白-配体数据生成。研究用 PocketVec 在 15,559 个蛋白中识别出 51,535 个预测可成药口袋，经两级层次聚类归为 1,865 个化学相似结合位点簇。 剔除 533 个含已知配体的簇后，研究者从剩余 1,332 个无配体簇中选取成员最多的 100 个簇，每簇按与已知配体结合位点的相似度选两个高质量代表口袋。作者称，该选择覆盖约 5,600 个蛋白中的逾 10,000 个口袋，约为有人类可成药口袋注释蛋白的 36%，覆盖口袋、结构域和蛋白数量较随机选择基线提高 2.8 至 4.4 倍。

AI 根据报道生成 · 2 天前更新