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GNN与预训练模型ADMET基准:优势仅限Caco-2

1 篇报道1 个报道来源10 天前更新

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AI 综述

Stamenov等作者在bioRxiv发布预印本,在六个TDC ADMET终点、骨架划分下比较图神经网络(GNN)、冻结预训练模型(ChemBERTa、MolCLR)与指纹基线,给每个模型家族相同的50次试验、按验证集选参的调参预算,报告10个随机种子的中位数。 结果显示,GNN仅在Caco-2渗透性上明显最优(R²约0.48);作者称控制消融表明这一优势完全来自辅助的理化描述符,而非图表示。对于肝细胞清除率和半衰期,所有模型R²接近零或为负。 评测中架构与超参数选择只用验证集,留出测试集仅用于最终性能估计。这些结论来自预印本,尚未经同行评审。

AI 根据报道生成 · 9 天前更新

报道时间线

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10月30日
  1. bioRxiv · Bioinformatics精选
    GNN与预训练模型在ADMET预测中的任务依赖表现:统一调参预算下的基准评测

    该预印本在六个TDC ADMET终点、骨架划分下比较GNN、冻结预训练模型(ChemBERTa、MolCLR)与指纹基线,并给每个模型家族相同的50次试验、按验证集选参的调参预算,报告10个随机种子的中位数。

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