Baker团队从头设计锌金属蛋白酶

1. 08:00
   智药邦

   Nature发表AI从头设计金属蛋白酶研究，实现肽键高效切割与治疗蛋白条件激活

   华盛顿大学蛋白质设计研究所等团队在《Nature》发表研究，用生成式AI从头设计锌依赖性金属蛋白酶，在预定肽键位置实现切割。研究测试135种设计，显式建模催化水分子的组成功率88%，仅建模Zn²⁺的组为15%；Zn45的肽键水解速率较未催化反应提高超过10⁸倍。设计酶还被用于切割TDP-43、SAA和Aβ相关肽段，并通过可切割连接序列激活掩蔽型IL-2模拟物和EGFR拮抗剂，结果均为体外实验。

1. 08:32
   BioArt精选

   David Baker团队在Nature发表两项研究：从头设计半胱氨酸蛋白酶与金属蛋白酶

   华盛顿大学David Baker团队在Nature发表两篇论文，分别从头设计半胱氨酸蛋白酶和锌离子辅助的金属蛋白酶，并在哺乳动物细胞中检测到切割活性。

1. 15:00
   iNature

   Baker团队两天连发Nature与Science三篇论文，用RFdiffusion从头设计金属蛋白酶与半胱氨酸蛋白酶

   华盛顿大学David Baker团队与苏黎世联邦理工学院Donald Hilvert合作，于2026年10月14日在Nature在线发表金属蛋白酶计算设计研究，用RFdiffusion 2仅指定锌基催化中心与相邻肽结合口袋位置、其余序列由模型生成，135种设计中36%能特异切割指定底物的目标肽键，最优设计水解速度比背景反应快超10⁸倍，优化活性位点预组织后可达10¹⁰倍以上。

1. 11:16
   AI-Protein Design

   AI如何靶向无序序列设计蛋白质？六篇Baker团队论文全解读

   该文汇总了David Baker团队已发表的六项靶向无序序列或无序蛋白（IDPs/IDRs）的从头蛋白质设计工作，并逐篇解读设计策略与实验结果。其中Logos法在43个靶点中39个获得结合物（90.7%），RFdiffusion扩散方法在7个IDP/IDR靶点上均获3–100 nM亲和力结合物，最新MYC结合物在多种肿瘤模型中抑癌效果优于Omomyc。

1. 08:30
   BioAICraft

   David Baker 团队在 Nature 报告锌依赖型金属蛋白酶的从头计算设计

   华盛顿大学蛋白质设计研究所与苏黎世联邦理工学院等机构在 Nature 发表 Computational design of metalloproteases，用 RFdiffusion 系列模型、EnhancedMPNN 和 AlphaFold 3 设计出可切断肽键的锌依赖型蛋白酶。

1. 09:00
   AI药物设计实验室

   Baker团队在Nature发表从头设计锌金属蛋白酶研究，135个设计中36%切中指定肽段

   华盛顿大学David Baker团队联合多家机构在《Nature》发表《Computational design of metalloproteases》，从头设计锌金属蛋白酶，135个送入实验的设计中按37℃、12小时内切割超过10%的标准有36%切开了各自指定的肽段，质谱确认了切割位点。

1. 08:30
   DrugAI精选

   Nature：Baker团队用RFdiffusion从头设计金属蛋白酶

   David Baker团队在Nature发表研究，利用RFdiffusion系列生成模型从头设计含锌配位中心和多肽结合口袋的金属蛋白酶，135个实验测试设计中36%能在预期位置切割多肽底物。

1. 06:05
   UW Institute for Protein Design

   IPD 团队在 Nature 发表从头设计蛋白酶研究

   UW 蛋白质设计研究所（IPD）的 Anqi Chen、Kejia Wu 和 Hojae Choi 从头设计出蛋白酶，这些“分子剪刀”能高精度切割用户指定的目标序列。该成果本周发表于 Nature，推文未披露切割效率、特异性数据或实验体系。

1. 17:18
   DeepTech深科技精选

   David Baker团队在Nature连发两篇论文，AI从头设计蛋白酶最高催化加速超100亿倍

   华盛顿大学David Baker团队10月14日在Nature发表两篇论文，用RFdiffusion、ProteinMPNN和AlphaFold 3从头设计半胱氨酸蛋白酶与金属蛋白酶。

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