克隆感知基准：序列比对在CDR3检索胜过零样本PLM

Suyue Wang等作者在Briefings in Bioinformatics发表基准研究，在IEDB、VDJdb、SAbDab和McPAS-TCR四个免疫受体数据库上，以克隆感知划分评测抗原特异性受体检索。结果显示，在CDR3层面，经典序列比对一致优于冻结的零样本蛋白语言模型，BLOSUM62比ESM2-150M高7.2至11.5个百分点；到完整可变域层面，两者差距基本消失。 研究还显示，若改用随机划分，ESM2-150M的BCR Recall@1在CDR3层面从0.353升至0.632（+27.9个百分点），在完整可变域从0.507升至0.674（+16.6个百分点），说明划分方式会显著抬高PLM的表观表现。 作者称，结论仅适用于冻结的末层零样本嵌入；完整可变域分析因TCRβ全长序列由CDR3嫁接至IMGT胚系V/J模板重建，只作方向性解读。

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