LigandFF 开源复现 CGenFF 原子分型与参数分配

Lee, Euihyun 发布 LigandFF，依据已发表算法和公开的 CGenFF 5.0 拓扑、参数与电荷增量文件，开源复现了 CGenFF 的原子分型、键电荷增量赋电荷与类比参数迁移流程，可输出 CHARMM stream、PSF 及 OpenMM、GROMACS 输入。作者称，其分型规则针对 CGenFF 训练分子编写，取代惩罚矩阵拟合自官方程序记录在参数文件中的 5,787 条类比。 在留出测试集上，LigandFF 对两组 CGenFF 训练分子分别有 97.4% 和 97.8% 的分子实现全部原子分型正确，原子层面正确率为 99.7% 和 99.6%。作者说明，所有参照均为 CGenFF 训练分子或官方程序已公开的输出，尚未测量其与官方程序在新药样分子上的一致性。 LigandFF 并非官方 CGenFF 程序，其输出已作相应标注。

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