Mol-1设计KRAS G12D纳米抗体仅获计算预测
先了解这件事
作者用开源结构预测模型 Mol-1，针对 HLA-A*11:01 呈递的 KRAS G12D 新抗原肽 VVVGADGVGK 从头设计 VHH 纳米抗体，40 个候选经结构预测与三重筛选后选出 Top 20。排名第一的 VHH_039 计算 VHH-肽接触评分为 0.4855，对野生型仅 0.0526，特异性比值 9.2 倍，作者据此认为其具备特异性潜力。 全部结果均为计算预测，未做湿实验验证。作者称预测未使用多序列比对、每个复合物仅用单个随机种子，可能降低精度与可靠性；chain_pair_iptm 是结构置信度指标，与实际结合亲和力相关但不等价。作者建议优先对 VHH_039、VHH_028、VHH_006 做表达和 SPR/BLI 结合实验验证。 同期另一条记录是 Anthropic × Adaptyv 蛋白设计大赛 Challenge 5 的轨道 B 方案：用 RFdiffusion-Ab 在人源化 VHH 骨架上生成 500 条 CDR 骨架，经 ProteinMPNN 生成 2000 条序列，再用 RF2 打分筛出 20 条提交，单块 RTX 5080 耗时约 68 小时。该方案未显式验证野生型特异性，提交序列将由 Adaptyv 用 SPR 测定对 G12D pMHC、野生型 pMHC 及无肽 MHC 的亲和力。
AI 根据报道生成 · 6 天前更新
事件进展
2 个进展
- 11月2日 17:10 · 1 篇报道分享RFD4设计KRAS G12D pMHC纳米抗体流程药化猩球：用RFdiffusion从零设计靶向KRAS G12D pMHC的纳米抗体：Challenge 5实战流水线记录
- 10月31日 10:00 · 2 篇报道Mol-1实战复盘：设计KRAS G12D pMHC纳米抗体药化猩球：用开源结构模型 Mol-1 设计 KRAS G12D pMHC 纳米抗体的实战复盘
报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
- 药化猩球精选用RFdiffusion从零设计靶向KRAS G12D pMHC的纳米抗体：Challenge 5实战流水线记录
作者记录了Anthropic × Adaptyv蛋白设计大赛Challenge 5的轨道B方案：用RFdiffusion-Ab在h-NbBCII10人源化VHH骨架上生成500条CDR骨架，经ProteinMPNN生成2000条序列，再用RF2打分筛选出20条提交，全部在单块RTX 5080上耗时约68小时。
- 药化猩球Mol-1 从头设计 KRAS G12D pMHC 结合 VHH 报告
基于开源模型 Mol-1，研究对 HLA-A*11:01 呈递的 KRAS G12D 新抗原肽 VVVGADGVGK 从头设计 VHH，40 个候选经结构预测与三重筛选后选出 Top 20。排名第一的 VHH_039 属双模态接触设计组，VHH-肽接触评分 0.4855，对野生型仅 0.0526，特异性比值 9.2 倍。全部结果均为计算预测，未做湿实验验证。
- 药化猩球精选用开源结构模型 Mol-1 设计 KRAS G12D pMHC 纳米抗体的实战复盘
作者以开源结构预测模型 Mol-1 对 HLA-A*11:01 呈递的 KRAS G12D 新抗原肽设计 VHH 纳米抗体，从 40 个候选序列中筛出 Top 20，排名第一的 VHH_039 在计算中 VHH-肽接触分数为 0.4855、对野生型仅 0.0526。
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