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Bioinformatics (Oxford)· Souza JS, Albuquerque AO, Almeida DS, Costa AHS, Sampaio JV, Silva JHM.·· 2026-10-09精选AI 评分72

AutoHMD:用升温分子动力学可扩展验证抗体-抗原复合物

AutoHMD: Scalable and Accurate Validation of Antibody-Antigen Complexes by Heated Molecular Dynamics.

AI 导读

【全文总结】作者开发AutoHMD自动化流程,用升温分子动力学(310–390 K)评估抗体-抗原复合物界面稳定性,以区分高质量与错误结合姿态。在来自AbSet的30个PDB条目对接姿态上,平均iRMSD在2.52 Å阈值下对高质量与错误姿态分类准确率90.0%(MCC=0.80),外部重对接集准确率95.2%;该阈值直接迁移到Boltz-2生成的12个模型时区分度下降且存在重叠。

推荐理由

研究用升温分子动力学区分抗体-抗原对接与Boltz-2模型的结合姿态质量,并给出可迁移的iRMSD阈值。

来源:Bioinformatics (Oxford) · doi.org