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ACS JCIM (化学信息与建模)· Ngai Hei Ernest Ho, Chao Tung Yang, I-Son Ng, Jo-Shu Chang·· 17 天前精选AI 评分63

HEIWA:向 ESM3 注入水-蛋白相互作用的混合显隐式水注意力模块

HEIWA: Hybrid Explicit–Implicit Water Attention Affects Force Field Accuracy in Structure-Based Protein Language Model ESM3

AI 导读

【全文总结】作者提出 HEIWA 混合显隐式水注意力模块,把溶剂介导的力场信息注入 ESM3 残基嵌入,以修正无溶剂建模导致的物理偏差。研究以嗜热蛋白同源分类为代理任务,用 70 个蛋白的分子动力学 RMSF 基准做生物物理筛选,发现基线模型系统性把氢键误判为失稳因素、并低估表面残基迁移率,加入 HEIWA 后 120 组超参数中有 4 组通过筛选。

推荐理由

研究用嗜热蛋白分类代理任务揭示 ESM3 缺少溶剂编码带来的物理偏差,并提出可迁移的注意力修正模块。

来源:ACS JCIM (化学信息与建模) · doi.org