arXiv · q-bio.BM (生物大分子)· Liang Shi, Jiarui Lu, Junqi Liu, Chence Shi, Zhi Yang, Jian Tang·· 4 天前精选AI 评分65
ATMOS：用状态空间模型生成生物分子原子级动力学轨迹
Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics
AI 导读
研究提出 ATMOS，一个基于状态空间模型（SSM）的生成框架，用于生成生物分子的原子级分子动力学轨迹。该方法结合基于 Pairformer 的状态转移机制捕捉时间依赖，并用扩散模块解码轨迹帧，作者报告其在蛋白质单体和蛋白-配体体系的构象轨迹生成上达到当前最优性能。该工作已被 NeurIPS 2026 接收，定位为迈向动力学基础模型的一步。
推荐理由
该预印本提出用状态空间模型生成原子级分子动力学轨迹，为长时程构象采样提供了一种可迁移的建模思路。
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