从对接到实验：蛋白相互作用计算的七个判断

蛋白对接、丙氨酸扫描、MD与MM-GBSA等计算工具在论文中常被当作证据，但对接只给候选而非答案，盲对接成功率不高。丙氨酸扫描需同时检查蛋白结构是否散开，计算最稳的用法是负向筛选；MD要求三次独立重复、阴性对照并报告误差，FEP比延长MD更值得投入。Boltz-2亲和力模块仅训练过小分子，不能用于蛋白-蛋白结合，MM-GBSA典型误差2–3 kcal/mol，不足以解释两倍活性差。