bioRxiv · Bioinformatics· Branco, L., Lautenschlager, T., Andreeva, D., Yentur, Z., Castagnetti, F., Kagermeier, T., Potthof, I., Collignon, P., Potter Stephens, K., Matilainen, J., Mikut, R., Mayer, S. ·· 3 天前AI 评分33
Organotchi：面向类器官自动分割、形态表征与纵向追踪的开源工具
Organotchi: an open-source tool for the automated segmentation, morphological characterization, and longitudinal tracking of organoids
AI 导读
Organotchi 是一款开源工具，将神经类器官的自动分割与纵向形态分析整合在一起，可量化面积、周长、偏心率等十项形态特征并追踪囊性结构随时间的变化。该工具还能报告批次内与批次间变异性，标记异常类器官和分割失败案例，并在疾病建模、药物扰动和培养方案优化中做了概念验证，其中一个用例评估了乳腺癌球体的药物响应。
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