Edison Scientific与普林斯顿发布ChefNMR2:从一维NMR与分子式生成候选结构
Edison Scientific与普林斯顿大学合作发布ChefNMR2,输入分子式和一维NMR峰表,由原子级流匹配模型生成候选平面结构,再由智能体核对谱图与文献。
Edison Scientific与普林斯顿大学合作发布ChefNMR2,输入分子式和一维NMR峰表,由原子级流匹配模型生成候选平面结构,再由智能体核对谱图与文献。
牛津大学 OPIG、Diamond Light Source 与 IBM Research 在 Chemical Science 发表 Syndirella,以合成导向的片段延伸(Synthesis Directed Elaborations)把可采购反应物按 SMIRKS 反应规则组合成候选分子。
推荐理由:文章拆解了以可采购反应物为导向的片段延伸流程,并给出合成成功率与姿态偏差的具体数据。
意大利帕维亚大学、Dana-Farber癌症研究院等团队在《Nature Biotechnology》发表开源平台AdaptiveFlow,将Enamine REAL Space约315亿原始分子预处理为约690亿可直接对接条目,通过18维分子性质分区与自适应靶标引导虚拟筛选(ATG-VS)降低超大规模对接开销。
推荐理由:研究用分子性质分区与靶标引导抽样压缩数百亿级对接空间,并在两个靶点获得实验验证的抑制剂。
侯廷军、康玉团队联合澳门理工大学刘焕香团队在Nature Protocols发布AI驱动的虚拟筛选平台CVSP-AIE,整合KarmaDock、CarsiDock与RTMScore重打分模型,通过分层调用平衡筛选速度与精度。
推荐理由:该平台把三种自研对接与打分模型整合为分层筛选流程,并给出在线与本地两种使用方式,便于比较速度与精度的取舍。
作者把雄性果蝇中枢神经系统连接组 MaleCNS(38,128 个神经元、300 万个突触)接入一个刚性对接模拟器,让果蝇“操控”星形孢菌素进入 CDK2(PDB 1AQ1)的结合口袋。仅训练边缘两层、约十万次强化学习后,果蝇从包括 9 Å 外且倒置的各个起始位置把分子对接到晶体构象 2 Å 以内。作者明确表示这并未解决药物发现,且模拟物理为自制、连接组本身未经训练。
基于 ICLR 2023 的 Uni-Mol 框架微调血脑屏障渗透性分类模型,在留出测试集上取得 ROC-AUC 0.9199、PRC-AUC 0.9686。训练使用约 2000 多个 BBBP 分子,经 RDKit 规范化后剔除 11 个非法分子,微调 10 个 Epoch。
基于剑桥大学Emma King-Smith用约100万个CCDC有机晶体结构预训练的MPNN化学基础模型,本次重现将其迁移至TDC急性毒性数据集,在1,477个测试分子上取得MAE 0.5277,与论文参考值0.52几乎一致。模型已部署为在线应用,输入SMILES即可预测log LD50,但训练数据仅含口服LD50,未涵盖代谢活化、物种差异与慢性毒性,分布外分子可靠性下降。
对ETH Zurich Schneider团队开源框架BIMODAL的实测显示,109次生成尝试得到100个兼具有效性、新颖性与唯一性的分子,成功率91.7%。所用BIMODAL_random_512_aug_5模型经5倍数据增强,基于ChEMBL22中271,914个高活性生物分子训练,采样温度设为0.7。该结果来自生成环节的合规性与去重统计,部分分子仍需进一步确认。
基于Mordred提取的1800余个分子描述符经筛选保留604个关键特征,超参数调优后的XGBoost模型在独立测试集上预测AlogP的R²达0.7615。特征重要性分析显示支链化程度(NsssCH)、电荷分布特性(AATSC0c)与3D饱和度(HybRatio)是影响AlogP的核心因素。
Ignota Labs与Broad Institute合作在《Journal of Chemical Information and Modelling》发表研究,提出先预测九项代理DILI标签、再与化学结构特征结合预测药物性肝损伤的DILIPredictor模型。
推荐理由:该研究把体外与体内代理指标并入特征,比较其对DILI预测的提升,并给出可复用的公开模型。