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11月3日周二
10月30日周五
  1. 药化猩球78

    Syndirella:以合成导向的片段延伸把单个母核扩展出5085个候选分子

    牛津大学 OPIG、Diamond Light Source 与 IBM Research 在 Chemical Science 发表 Syndirella,以合成导向的片段延伸(Synthesis Directed Elaborations)把可采购反应物按 SMIRKS 反应规则组合成候选分子。

    推荐理由:文章拆解了以可采购反应物为导向的片段延伸流程,并给出合成成功率与姿态偏差的具体数据。

10月16日周五
  1. 智药邦80

    Nature Biotechnology|AdaptiveFlow实现数百亿分子库的自适应虚拟筛选

    意大利帕维亚大学、Dana-Farber癌症研究院等团队在《Nature Biotechnology》发表开源平台AdaptiveFlow,将Enamine REAL Space约315亿原始分子预处理为约690亿可直接对接条目,通过18维分子性质分区与自适应靶标引导虚拟筛选(ATG-VS)降低超大规模对接开销。

    推荐理由:研究用分子性质分区与靶标引导抽样压缩数百亿级对接空间,并在两个靶点获得实验验证的抑制剂。

9月23日周三
  1. HouMed63

    侯廷军团队在Nature Protocols发布AI虚拟筛选平台CVSP-AIE

    侯廷军、康玉团队联合澳门理工大学刘焕香团队在Nature Protocols发布AI驱动的虚拟筛选平台CVSP-AIE,整合KarmaDock、CarsiDock与RTMScore重打分模型,通过分层调用平衡筛选速度与精度。

    推荐理由:该平台把三种自研对接与打分模型整合为分层筛选流程,并给出在线与本地两种使用方式,便于比较速度与精度的取舍。

9月16日周三
  1. Oxford Protein Informatics Group · Blog43

    用果蝇连接组做分子对接:MaleCNS 驱动刚性对接模拟

    作者把雄性果蝇中枢神经系统连接组 MaleCNS(38,128 个神经元、300 万个突触)接入一个刚性对接模拟器,让果蝇“操控”星形孢菌素进入 CDK2(PDB 1AQ1)的结合口袋。仅训练边缘两层、约十万次强化学习后,果蝇从包括 9 Å 外且倒置的各个起始位置把分子对接到晶体构象 2 Å 以内。作者明确表示这并未解决药物发现,且模拟物理为自制、连接组本身未经训练。

5月26日周二
5月18日周一
  1. Mol.AI47

    硬核重现!从100万晶体结构到毒性预测,这个化学"基础模型"有多强?

    基于剑桥大学Emma King-Smith用约100万个CCDC有机晶体结构预训练的MPNN化学基础模型,本次重现将其迁移至TDC急性毒性数据集,在1,477个测试分子上取得MAE 0.5277,与论文参考值0.52几乎一致。模型已部署为在线应用,输入SMILES即可预测log LD50,但训练数据仅含口服LD50,未涵盖代谢活化、物种差异与慢性毒性,分布外分子可靠性下降。

4月8日周三
  1. Mol.AI40

    实测ETH开源算法BIMODAL:91.7%命中率,109次尝试即得100个全新化合物

    对ETH Zurich Schneider团队开源框架BIMODAL的实测显示,109次生成尝试得到100个兼具有效性、新颖性与唯一性的分子,成功率91.7%。所用BIMODAL_random_512_aug_5模型经5倍数据增强,基于ChEMBL22中271,914个高活性生物分子训练,采样温度设为0.7。该结果来自生成环节的合规性与去重统计,部分分子仍需进一步确认。

3月26日周四
7月9日周二
  1. Ignota Labs 官网资讯60

    Ignota Labs与Broad Institute合作发表DILIPredictor,提升药物性肝损伤预测

    Ignota Labs与Broad Institute合作在《Journal of Chemical Information and Modelling》发表研究,提出先预测九项代理DILI标签、再与化学结构特征结合预测药物性肝损伤的DILIPredictor模型。

    推荐理由:该研究把体外与体内代理指标并入特征,比较其对DILI预测的提升,并给出可复用的公开模型。