PartiDesign 发布：统一框架同时生成生物分子三维结构与序列
PartiDesign 被开发为同时设计结构与序列的生物分子设计模型，可在同一框架中处理蛋白质、RNA、DNA 和低分子。该模型支持指定结合部位、二级结构和化学键等条件，并同时生成三维结构以及序列与化学组成。作者称来源见回复，未在正文给出评测结果。
#小分子生成
澪乃ゆいAI 评分5858
德睿智药精选AI 评分6868 德睿智药发布生命科学基座模型体系Intera，首推结合构象预测模型InteraFold-Chem
德睿智药于2026年9月18日发布生命科学基座模型体系Intera，并公布首个模型InteraFold-Chem的技术报告，该模型聚焦蛋白质与小分子的结合构象预测。
推荐理由：德睿智药公布InteraFold-Chem在445个测试样本上的结合构象预测成功率，并给出与Protenix-v2、Chai-1、Boltz-2的对照结果。
AI4ProteinAI 评分5555 Pallatom-Ligand：全原子扩散模型设计小分子结合蛋白
上海科技大学王浩晨等人提出 Pallatom-Ligand，一款以小分子结构为条件的端到端扩散全原子模型，用于设计蛋白质-配体复合物。该模型采用 Token 级全注意力、原子级块稀疏注意力和 Token 对三角注意力三种机制，在多个小分子 Binder 蛋白设计任务上的成功率显著优于 RFdiffusionAA 和 RFdiffusion2。
HouMed精选AI 评分7474 侯廷军团队等发布全模态分子设计基座模型ODesign
侯廷军教授课题组、OTeam创始人张昊天领衔，联合临港实验室郑双佳团队、浙江大学谢昌谕团队等发布全模态分子设计基座模型ODesign，在统一框架内支持蛋白质、核酸（RNA/DNA）、小分子与离子的相互作用生成，并可在分子整体、功能基序、提示原子三种粒度下可控设计。
推荐理由：该模型把蛋白、核酸与小分子设计放进同一生成框架，并给出跨模态基准对比，便于判断多模态分子设计的当前进展。