融合 Boltz-2、OpenDDE 与 Schrödinger 的 GPCR 设计管线及 GPR84 实战
作者以 GPR84 为例,介绍一套融合 OpenDDE 生成、Boltz-2 共折叠与亲和力快筛、Schrödinger 2026-4 膜显式 MD 与 FEP+ 的 GPCR 计算设计管线。
推荐理由:以 GPR84 为例拆解 AI 生成、共折叠快筛与物理终审的分级管线,并给出激动剂与抑制剂形态差异的实操约束。
作者以 GPR84 为例,介绍一套融合 OpenDDE 生成、Boltz-2 共折叠与亲和力快筛、Schrödinger 2026-4 膜显式 MD 与 FEP+ 的 GPCR 计算设计管线。
推荐理由:以 GPR84 为例拆解 AI 生成、共折叠快筛与物理终审的分级管线,并给出激动剂与抑制剂形态差异的实操约束。
Valence Labs 的 Daniel Ramirez 撰文梳理靶向药物发现中结合亲和力预测的两条路线:基于物理的对接与分子动力学方法可泛化到新靶点和新化学型,但速度慢且需要起始结构;Boltz-2、Nesso-1 等共折叠模型速度快、无需起始结构,却会在训练数据之外无预警失效。
推荐理由:梳理结合亲和力预测从物理模拟到共折叠模型的两条路线,并说明两者互补的融合方向。