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  1. Genesis Molecular AI68

    Genesis Molecular AI 的 NeurIPS 2026 论文:分子优化达最强推理时搜索同等性能,oracle 调用少 58 倍

    Genesis Molecular AI 在 NeurIPS 2026 论文中报告,其方法在分子优化任务上达到与最强推理时搜索相同的性能,同时 oracle 调用次数减少 58 倍。该推文指出,预训练分子生成器掌握化学规律但不了解具体靶点,论文聚焦离散扩散设计选择对反馈效率的影响。

    推荐理由:该论文比较离散扩散分子生成中不同设计选择对反馈效率的影响,为优化时的 oracle 调用预算提供参照。

  1. Molence65

    Molence 的 Mol-1 在 MGBench 分子胶预测中报告低同源条件 28.6% 联合成功率

    Molence 的 Mol-1 在 MGBench 分子胶预测基准上报告联合成功率:已见条件 92.2%、高同源 74.6%、低同源 28.6%,最强评测基线在低同源条件为 19.1%。联合成功需同时满足配体 RMSD < 2 Å、lDDT-PLI > 0.8 和蛋白界面 DockQ > 0.23。作者同时引用的另一条内容称,在 Runs N' Poses 的 0–20 最低相似度区间,Mol-1 成功率为 36.1%,AlphaFold 3 为 24.6%,通过 Mol-1-constraint 提供结合位点信息后升至 63.9%。

    推荐理由:Mol-1 在 MGBench 上同时考核配体位姿与蛋白界面,低同源条件下与最强基线的差距提供了具体参照。

  1. Genesis Therapeutics 官网资讯74

    Genesis 与 Caltech 提出离散扩散在线适应框架,分子优化用 86 次评估追平 Beam Search 约 5000 次评估表现

    Genesis Molecular AI 与 Caltech 合作的 NeurIPS 2026 论文研究离散扩散分子生成模型在测试时如何分配算力,其在线适应框架仅用 86 次 oracle 评估即追平最强推理期搜索基线 Beam Search 约 5000 次评估的表现。

    推荐理由:研究系统拆解在线适应式分子优化的四个设计选择,并给出何时值得用在线适应而非推理期搜索的判据。

  1. Corin Wagen58

    Rowan 发布 FEP 更新,新配体参数化方法 Mango 提升基准表现

    Rowan 发布若干更新以提升 FEP 计算精度,并推出新的配体参数化方法 Mango。作者称 Mango 在标准 8 体系 FEP+ 基准集上降低了能量误差,并提高了排序相关性指标。

    推荐理由:Rowan 更新 FEP 计算流程并引入 Mango 配体参数化方法,给出其在标准 8 体系基准上的误差与排序相关性变化。

  1. Corin Wagen58

    Corin Wagen 团队复现 SandboxAQ taqo 方法:单点蛋白-配体焓值可作同系列 ∆∆G 启发式

    Corin Wagen 表示其团队复现了 SandboxAQ 发布的 taqo 方法,得到与原文非常相似的结果。该方法用神经网络势(NNP)计算单点蛋白-配体焓值,作为同系列化合物内 ∆∆G 的启发式指标。

    推荐理由:作者复现了 SandboxAQ 的 taqo 方法,为同系列内用单点焓值近似 ∆∆G 的可行性提供了独立参照。

  1. 奶牛猫的CADD实验室62

    Martini 3 结合自由能误差从 5.7 降至 1.2 kcal/mol,配体排序中位相关仅 0.32

    一篇预印本在 15 个靶点、172 个配体上评估 Martini 3 粗粒化模型的绝对结合自由能计算,发现模型系统性低估结合强度,按口袋带电残基数做线性校正后平均绝对误差从 5.7 降至 1.2 kcal/mol。

    推荐理由:解读预印本对Martini 3结合自由能误差的分解,说明整体偏移校正与配体排序能力为何是两件事。

  1. DrugIntel62

    Rowan 测试不同 Pose Ranking 方法对 RBFE 计算的影响

    Rowan Scientific 在 JACS RBFE benchmark 的 8 个蛋白靶点、约 190 个配体类似物上比较多种 pose ranking 方法,发现 Vinardo/Vina 在默认 analogue docking 输出中约 62% 的配体能把最低 RMSD pose 排第一,更复杂的方法未明显改善。

    推荐理由:Rowan 在 JACS RBFE 基准上比较多种 pose ranking 方法,显示简单 Vina 排序已接近复杂打分,为自动化 FEP 工作流提供参照。

  1. Andrés M. Bran58

    研究者评微软 RetroChimera:单步逆合成模型中的强方法

    研究者 Andrés M. Bran 对微软研究院发表于 Nature 的逆合成预测模型 RetroChimera 做了评测,认为它在单步模型类别中是较强的方法。他强调预测必须经过实验室验证,而验证的前提是先把分子合成出来。微软研究院的原帖称该模型用于加速化学合成、帮助研究者探索更广泛的分子。

    推荐理由:作者以实测评测视角指出逆合成模型需先合成再验证,并给出单步模型类别中的定位参照。

  1. Oxford Protein Informatics Group · Blog58

    用机器学习预测ADME性质:两个描述符保留82%性能

    OPIG的UNIQ+学生Zarif Shafiei复现Biogen ADME数据集上的模型比较结论,发现仅用RDKit的PEOE_VSA与SlogP_VSA两个向量描述符即可保留48描述符基线82%的预测性能(LightGBM、四端点5折交叉验证,平均R²由0.42降至0.36)。

    推荐理由:作者复现Biogen ADME基准并检验其结论,发现两个RDKit描述符可保留82%预测性能,为特征选择提供参照。

  1. Inductive Bio 官网资讯58

    Inductive Bio 分享 OpenADMET PXR 盲测夺冠方法

    Inductive Bio 在 OpenADMET 2026 年 PXR 激活预测盲测中从 350 多名研究者中排名第一,其负责人 Duncan Muir 在 webinar 中完整讲解建模路径。

    推荐理由:Inductive Bio 复盘其在 OpenADMET PXR 盲测中的建模路径,为 ADMET 预测的误差分析与数据融合提供可迁移做法。

已经到底了