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  1. Brian Hie78

    Brian Hie 团队报告 Evo 2 的生成式上下文学习能力

    Brian Hie 团队报告 Evo 2 在少量同功能序列提示下可生成功能相似的新序列,作者称这是一种生成式上下文学习(ICL),且为训练时未预料到的涌现现象。

    推荐理由:作者报告 Evo 2 在少量同功能序列提示下生成相似功能序列,并延伸到调控元件与蛋白设计任务。

  1. Roshan Rao60

    Roshan Rao 发布用公开 API 复现 ESMFold2 规模扩展结果的仓库

    Roshan Rao 表示所有必要参数已更新,并发布仓库 esmfold2-inference-scaling,用于通过公开 API 复现 ESMFold2 的规模扩展结果。其引用的说明指出,规模扩展高度依赖对 pair representation 的扰动,论文结果设置了每轮随机 LM dropout mask、开头随机 LM 输入 mask、每轮重新随机 MSA 子采样和每轮变化的 MSA 列掩码,这些关键参数此前未在公开 API 中暴露,具体设置见补充材料。

    推荐理由:作者公开可复现 ESMFold2 规模扩展结果的推理仓库,并说明此前 API 缺失的关键参数已更新。

  1. Alex Rives82

    ESMFold2 发布:面向蛋白预测、设计与发现的开放科学引擎

    Alex Rives 宣布推出 ESMFold2,一个面向蛋白生物学预测、设计与发现的开放科学引擎,称其在蛋白相互作用尤其是抗体上达到当前最优性能。作者称已针对癌症和免疫学相关的五个治疗靶点设计并验证了 miniprotein 结合剂和单链抗体,成功率很高,亲和力达到与治疗活性一致的水平。

    推荐理由:ESMFold2 同时覆盖蛋白相互作用预测与结合剂设计,并给出多靶点湿实验验证结果,可作为评估蛋白基础模型能力的参照。

已经到底了