罗氏发布POISK抗体数据集并评测折叠模型
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罗氏及旗下 Prescient Design 团队发布论文,推出从美国专利提取的抗体数据集 POISK,并评测六种结构预测模型能否区分抗体结合剂与诱饵。数据集含 10,110 件专利、89,074 条抗体–抗原记录,并整理出 22,494 个复合物的平衡基准集:11,247 个为专利验证但无已知解析结构的结合剂,另配序列相似的人抗体库来源推定非结合剂。 评测中表现最好的 Protenix-v2 在全部配对上达到 72% 成对准确率,在模型最有把握的一半预测上为 87%;从 50 个候选抗体中正确挑出真实结合剂的试验成功率为 29%。表位定位仍不可靠,最佳模型仅 62.8% 的案例触及标注表位残基。作者据此称,当前折叠模型对抗体筛选提供有用但有限的信号,需辅以其他方法。 团队同时指出,专利数据的实验支持强度并不一致,负样本未经不结合实验验证,训练前仍需严格清洗和分级;高结构置信度不等于真实结合,也不能直接代表结合亲和力。
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报道时间线
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- LeapFun罗氏发布近9万条抗体专利数据集POISK并评测六大结构预测模型
罗氏及旗下Prescient Design团队发布论文,推出从美国专利提取的抗体数据集POISK,含10,110件专利、89,074条抗体–抗原记录、78,174条独特抗体和2,069个独特靶点序列,并提供亲和力、表位残基与竞争关系等36类字段。
- bioRxiv · Bioinformatics精选POISK 基准:折叠模型能否区分抗体结合剂与诱饵
研究团队构建 POISK 数据集,从 10110 项美国专利中经 LLM 流程提取 89074 条抗体-抗原记录,并整理出 22494 个复合物的平衡基准集,其中 11247 个为专利验证但无已知解析结构的结合剂,另配序列相似的人抗体库来源推定非结合剂。
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