gmx_MMPBSA 扩展端态结合自由能计算并推出 amber_MMPBSA 入口
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gmx_MMPBSA 扩展端态结合自由能计算并推出 amber_MMPBSA 入口
2 篇报道2 个报道来源14 天前更新
先了解这件事
AI 综述
Valdes-Tresanco 等作者扩展了基于 GROMACS 的端态结合自由能计算工具 gmx_MMPBSA，新增 GBNSR6 与非线性 PB 模型、二阶累积量（C2）熵估计、显式结构水以及多位点丙氨酸/甘氨酸突变功能，并推出新入口 amber_MMPBSA，可直接读取原生 AMBER 输入文件，把 gmx_MMPBSA 的计算与分析能力提供给 AMBER 用户。作者用蛋白质-蛋白质、蛋白质-RNA、蛋白质-小分子和 DNA-小分子等复合物演示新功能，称计算结果会随方法选择而变化；源代码已在 GitHub 发布。 后续报道称这些功能随 v1.7.0 发布，其中保留指定受体侧结构水的能力支持多种 GB、PB 计算路径，amber_MMPBSA 可处理支持的 AMBER 拓扑和轨迹文件；v1.7.0 还调整了 GB 模型、原子半径及 PB 外部介电常数等默认参数。v1.7.1 则修复了水分子选择、拓扑和轨迹映射中的问题。
AI 根据报道生成 · 13 天前更新
最新进展10月26日 11:19
gmx_MMPBSA 1.7 系列更新：结构水、熵计算和突变扫描有哪些变化？事件进展
2 个进展
- 10月26日 11:19 · 1 篇报道gmx_MMPBSA发布v1.7.1版本奶牛猫的CADD实验室：gmx_MMPBSA 1.7 系列更新：结构水、熵计算和突变扫描有哪些变化？
- 10月24日 08:00 · 1 篇报道gmx_MMPBSA扩展末端结合自由能计算功能bioRxiv · Bioinformatics：gmx_MMPBSA 扩展端态结合自由能计算能力并新增 amber_MMPBSA 入口
报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
10月26日
- 奶牛猫的CADD实验室gmx_MMPBSA 1.7 系列更新：结构水、熵计算和突变扫描有哪些变化？
开源结合自由能计算工具 gmx_MMPBSA 发布 v1.7.1，与今年 9 月的 v1.7.0 共同扩展了结构水、熵估计和 AMBER 工作流支持。
10月24日
- bioRxiv · Bioinformatics精选gmx_MMPBSA 扩展端态结合自由能计算能力并新增 amber_MMPBSA 入口
gmx_MMPBSA 团队扩展了这款基于 GROMACS 的端态结合自由能计算工具，新增 GBNSR6 与非线性 PB 模型、二阶累积量（C2）熵估计、显式结构水以及多位点丙氨酸/甘氨酸突变功能。
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