共享克隆使合并筛选可重复性被高估
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共享克隆使合并筛选可重复性被高估
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AI 综述
Xuanrui Huang 发布的预印本指出，在 Perturb-seq 等合并筛选中，把同一扰动的细胞随机分成两半并不构成独立重复：两半含有相同克隆，属于数据中未标注的伪重复。在基因组规模的原代 T 细胞筛选中，无效应扰动在随机两半间几乎总是一致，而在独立转导重复间仅约一半一致，与噪声预期相当；增加细胞数也未消除这种一致性。按 T 细胞受体恒定区或克隆条码分成无共享克隆的两半后，超额一致性基本消失。 该预印本还称，共享克隆会抬高基准上限和可靠性标签：当模型输入与评分答案来自同一次转导时，已发表的新细胞状态扰动效应预测模型看似优于忽略扰动的基线，但对照另一次转导的细胞时，多数低于该基线。作者据此主张，可重复性应在独立转导之间评判。
AI 根据报道生成 · 14 天前更新
最新进展10月26日 12:00
共享克隆使合并筛选中的随机细胞二分看似可重复报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
10月26日
- arXiv · q-bio.QM (定量方法)精选共享克隆使合并筛选中的随机细胞二分看似可重复
该预印本指出，在Perturb-seq等合并筛选里，把同一扰动的细胞随机分成两半并非独立重复，因为两半含相同克隆，构成数据中未标注的伪重复。在基因组规模原代T细胞筛选中，无效应扰动在随机两半间几乎总是一致，而在独立转导重复间仅约一半一致，与噪声预期相当，增加细胞数也未消除这种一致性；按T细胞受体恒定区或克隆条码分成无共享克隆的两半后，超额一致性基本消失。
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