FFT加速埋藏表面积计算工具

Tufts 的 James 等人提出一种基于快速傅里叶变换（FFT）的方法，用于计算两个结合伙伴在多个相对平移下的溶剂可及表面积（SASA）变化，并通过网格化 SASA 与溶剂排除网格的互相关得到埋藏表面积（BSA）。 研究者在 MDTraj 的 sasa.cpp 基础上修改，实现了优化的 Shrake-Rupley SASA 库。据其报告，单次 FFT 平移耗时 0.41–0.68 微秒，而直接计算每个构象需 0.14–1.70 秒，加速幅度似随体系规模增大；在 0.5 Å 网格分辨率下，与直接计算的均方根误差为 3.0 Å。 该工具面向需在大量相对平移下评估结合界面埋藏面积的计算场景，速度与精度数据均来自作者自述。

AI 根据报道生成 · 5 天前更新