大肠杆菌单体蛋白产量大规模量化与序列预测
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研究团队在 bioRxiv 发布预印本，称开发出一种结合肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱的混合检测方法，在统一标准化的大肠杆菌生产条件下，量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。团队还称开发了 ESMC-MonoYield 模型，这是一种经微调的蛋白质语言模型，仅凭氨基酸序列即可预测单体产量，并在 BindCraft 设计的结合蛋白中前瞻性展示了高产候选的富集。 作者在社交平台表示，该研究在大肠杆菌中大规模测定单体蛋白产量，并建立预测器以辅助蛋白质设计；其称模型能捕捉稳定性无法解释的产量差异，在结合剂设计验证中筛选高产候选取得有希望的结果。上述方法与预测效果均为作者在预印本及社交平台上的报告。
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- 下一分子AI制药日报｜大分子/小分子/虚拟细胞多项研究进展
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法，在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token，在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示，五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线，但同物种内优势有限。
- 澪乃ゆいESMC-MonoYield：约4万种蛋白单体收量实测并实现序列预测
研究团队在 bioRxiv 发布预印本，对约4万种蛋白质在大肠杆菌中精制后的单体收量进行大规模测定，并开发出仅凭氨基酸序列预测收量的 ESMC-MonoYield。该模型捕捉稳定性无法解释的收量差异，在設計结合剂的实验验证中，用于筛选高收量候选取得有希望的结果。
- bioRxiv · Biophysics精选研究建立大肠杆菌单体蛋白产量大规模并行定量与预测方法
研究团队开发结合肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱的混合检测方法，在统一的大肠杆菌生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。
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