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AlphaFold口袋的apo-holo状态分类

1 篇报道1 个报道来源10 天前更新

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AI 综述

Feidakis等作者在bioRxiv发布预印本,把来自12,255个蛋白的237,922个AlphaFold结合口袋放到实验结构所张成的apo-holo轴上定位,并公开逐口袋分类及描述符。作者称多数口袋偏holo样(62%;apo与holo结构等量采样时为56%),与实验证据中apo/holo的分布比例一致。 作者还称,三种结合位点预测器识别出holo样口袋的比例高出13至21个百分点,同源配体对接成功率高出19个百分点;这一差距随实验状态分离而扩大,在两者重叠处消失。作者指出,AlphaFold的置信度分数反映口袋变化程度,而非其所处状态。 上述比例与差距均为作者在预印本中的说法,尚未经同行评审证实。

AI 根据报道生成 · 9 天前更新

报道时间线

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10月30日
  1. bioRxiv · Bioinformatics精选
    研究将AlphaFold结合口袋置于apo-holo连续谱上分析

    研究把来自12,255个蛋白的237,922个AlphaFold口袋放到其实验结构所张成的apo-holo轴上定位,发现多数口袋偏holo样(62%,apo与holo结构等量采样时为56%),与实验证据中apo/holo的分布比例一致。

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