转录组相似性可指导扰动响应预测的源选择

Jiang, L. 等作者发布预印本，检验基线转录组相似性能否为未测靶点的扰动/药物响应预测排序候选来源细胞背景。作者称，在 LINCS 与 GSE306429 中，相似性与匹配响应的一致性相关；在 GSE306429 中，所选来源的效用高于随机预期（ΔU = 0.034；P = 0.002），在精确时间匹配的 MIX-Seq 任务中 ΔU = 0.046。 在同一合格子集的谱系限制分析中，组织内排序效应仍为正（0.130；95% CI 0.119–0.141），保留了该子集全局效应（0.363；95% CI 0.342–0.386）的 35.8%。 作者同时指出，仅靠排序无法解决是否聚合来源、如何量化迁移不确定性的问题。

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