PharmaDiff：药效团条件扩散模型生成3D分子

Amira Alakhdar 等作者提出药效团条件扩散模型 PharmaDiff，基于 MiDi 架构的 SE(3) 等变 Transformer，以原子级三维药效团假设为条件生成完整三维分子，无需靶点蛋白三维结构。模型在 GEOM-DRUGs 数据集上训练，该数据集含逾 45 万个药物尺寸分子。 作者称，测试中 PharmaDiff 在匹配三维药效团约束上优于基于配体的药物设计方法，并在多种蛋白上取得更高对接分数，且不需要靶点蛋白结构。但同一报道显示，在有效生成分子中，ShEPhERD 和 PhoreGen 的 PoseBusters 通过率分别为 95.97% 和 64.03%，高于 PharmaDiff 的 48.68%；作者也提示，生成分子在实验验证前可能仍需优化或严格过滤，以确保合成可及性与化学稳定性。

AI 根据报道生成 · 9 天前更新