预印本：逃逸细胞稀释单细胞CRISPR筛选响应

Xuanrui Huang 发布预印本，提出用“逃逸比例”衡量单细胞 CRISPR 筛选中靶基因未被有效敲低的细胞占比，并基于每个细胞中靶基因的计数、用两组混合模型估计该比例；在模拟混合样本中，该方法能恢复已知比例。 该预印本称，在多数细胞类型中，逃逸比例随基因必需性升高，同一批细胞后续筛选中的逃逸比例更高，在人胚胎干细胞（hESC）中约占被测细胞的一半。按此推算，扰动响应幅度会降至被敲低细胞的 (1-e)^2。 预印本还称，hESC 的响应与 K562 细胞相似，除非敲低耗竭了细胞；简单迁移模型学到的系数会因所预测细胞类型的稀释而降低；在全部细胞上评分的基准会奖励向“无变化”收缩的预测，部分原因是该基准的真值本身已被稀释。若细胞停止分裂，响应中还包含细胞周期阶段间的表达差异。

AI 根据报道生成 · 13 天前更新