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短MD重打分未改善p38α抑制剂对接排序

1 篇报道1 个报道来源10 天前更新

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AI 综述

Dhakal与Chand发表的预印本基准研究显示,对29个中性p38激酶抑制剂,短时分子动力学MM/GBSA重打分与AutoDock Vina对接的排序能力均较弱,两者与实验ΔG的相关性都不足以区分化合物,重打分未带来可测量的改善。 该系列IC50来自同一文献,对应ΔG跨度仅3.8 kcal/mol。每个配体用三个随机种子对接,并从基准构象出发做两个独立的20 ns模拟;MM/GBSA取每条轨迹251帧、不计熵项。同一配体的独立重复间平均相差3.3 kcal/mol,与实验跨度相当,作者据此称重复间波动限制了该方法的分辨率。 结论仅适用于这一窄活性范围的中性抑制剂系列和上述短时模拟设置。

AI 根据报道生成 · 9 天前更新

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10月30日
  1. bioRxiv · Biophysics精选
    短时分子动力学重打分能否改善p38α抑制剂的对接排序?一项复现基准

    该预印本研究比较AutoDock Vina对接与基于分子动力学的MM/GBSA重打分对29个中性p38激酶抑制剂的排序能力,结果显示两者与实验ΔG的相关性均较弱且无法区分。

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