微软开源BioEmu2：从构象采样到动力学预测
先了解这件事
微软研究院 AI for Science 团队（Frank Noé 领衔）公开预览第二代生物分子基础模型 BioEmu2，权重与代码以 MIT 协议开源。相比上一代只做单链蛋白质平衡构象采样，BioEmu2 扩展到蛋白质复合物、核酸、配体等体系，并能根据给定初始结构预测一段时间后的状态。模型卡称其为约 5 亿参数的全原子扩散模型，需研究者给定化学组成，不设计新序列，也不直接输出结合亲和力。 团队称 BioEmu2 是目前唯一在 SOTA 生物分子基础模型中系统预测动力学的公开方案，该“唯一”为作者自述，尚无独立横向评测核验。跟进报道称，在相同训练与测试集划分下，其精度比肩 Boltz v1、OpenFold3、ESMFold2 等折叠模型，在单体蛋白、二聚体和蛋白-配体基准中能覆盖传统 MD 50% 至 100% 的亚稳态构象；但报道也指出，模型只是探索到多构象存在，对部分位点自由能预测不佳，多聚体结合模式可能受给定约束提示而非模型自身学到。 模型卡把定量结合亲和力与绝对自由能预测列在验证范围之外，建议优先使用 1–1000 ns 的主要训练滞后区间，并提醒超过一万 token 的极大体系可能难以保持物理合理性；采样频率不可直接视为校准后的玻尔兹曼概率或定量自由能。模型尚未针对实验结合速率做 fine-tune，团队表示 on/off rates 目前不可靠。后续一篇实测用单个 scFv 候选做了 10 ns 传播演示，但未给出成功与失败候选的成组对照，也无湿实验命中率。
AI 根据报道生成 · 2 小时前更新
事件进展
3 个进展
- 11月8日 08:30 · 1 篇报道BioEmu2 全流程教程与实测BioAICraft：BioEmu2 全流程教程与实测：微软开源全原子生物分子结构与动力学模型
- 10月29日 20:30 · 1 篇报道BioEmu2实测抗体候选动态模拟BioTender：BioEmu2 实测：AI 设计抗体能否靠动态模拟提前筛选
- 10月20日 18:32 · 6 篇报道微软开源BioEmu2生物分子基础模型预览LeapFun：微软开源 BioEmu2 生物分子基础模型，同时覆盖结构、平衡系综与动力学传播
报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
- BioAICraft精选BioEmu2 全流程教程与实测：微软开源全原子生物分子结构与动力学模型
作者在 Linux + conda + NVIDIA RTX 4080 SUPER 上实测微软 BioEmu2 全原子扩散模型，对腺苷酸激酶 ADK 和肌红蛋白各生成 8 个初始候选、从同一起点推进 4 条轨迹，每条 20 次、每次 50 ns，覆盖 1 μs 模型时间，80 个推进端点全部通过几何检查。
- BioTender精选BioEmu2 实测：AI 设计抗体能否靠动态模拟提前筛选
作者 Colby Ford 用微软 BioEmu2 对一条 scFv 候选 sbio-bdbvgp-355 做构象传播演示，先抽取 10 个平衡构象各向前传播 1 ns，再逐次传播 10 次、每次 1 ns 形成 10 ns 轨迹，并另做一轮带梯度引导的采样。
- BioTender巨头割据下的AI生物学
科技巨头正从分子模拟、蛋白质设计、科研智能体与自动化实验室等不同入口切入生物学。上周Google展示自主湿实验室，OpenAI用数千个Agent分析数百万个脑细胞并收购AI制药公司Orchestra Bio，微软发布BioEmu-2，Anthropic开放生命科学研究合作，NVIDIA推出蛋白质设计模型RFD4-Proteina。
- DrugAI微软BioEmu2发布：融合结构预测、平衡态采样与动力学推演的生物分子基础模型
微软研究院AI for Science团队（Frank Noé领衔）推出第二代生物分子基础模型BioEmu2，将静态结构预测、热力学平衡态采样、跨时间尺度动力学推演和万级残基超大复合物装配整合为统一工作流。
- BioTender微软 BioEmu 2 开放公开预览：从单体蛋白扩展到多链复合物、核酸与配体
微软 BioEmu 2 于 2026 年 10 月 20 日开放公开预览，从原版面向单体蛋白的近似平衡构象分布，扩展到多链复合物、核酸与配体。模型卡称其为约 5 亿参数的全原子扩散模型，需研究者给定化学组成，生成结构集合，不设计新序列，也不直接输出结合亲和力。
- AI4Protein精选微软 BioEmu2 发布：融合结构预测、平衡态采样与动力学推演的生物分子基础模型
微软研究院 AI for Science 团队（Frank Noé 领衔）推出第二代生物分子基础模型 BioEmu2，将静态结构预测、热力学平衡态采样、跨时间尺度动力学推演和万级残基复合物装配整合为统一工作流。
- BioTender微软开源 BioEmu 2：可采样复合物与核酸构象并预测时间演化
微软研究院推出第二代生物分子模拟基础模型 BioEmu 2，并已在 GitHub 开源。该模型不只生成静态蛋白质三维结构，还能采样分子不同构象，并根据给定初始结构预测一段时间后的状态；相比上一代，它从单链蛋白质平衡构象采样拓展到蛋白质复合物、核酸、配体等更复杂体系，同时引入时间演化能力。
- LeapFun精选微软开源 BioEmu2 生物分子基础模型，同时覆盖结构、平衡系综与动力学传播
微软研究院 AI for Science 团队于 2026 年 10 月 20 日公开预览 BioEmu2，定位为同时覆盖结构、动力学与功能相关构象行为的生物分子基础模型，权重与代码以 MIT 协议开源。
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