郑双佳团队开源全原子构象生成模型 OriDynamics
先了解这件事
临港实验室郑双佳团队在 arXiv 发布并开源 OriDynamics，将蛋白单体、蛋白—小分子和蛋白—蛋白复合物纳入同一全原子构象集合生成框架：先探索代表构象，再采样局部波动。公开发布的是推理代码、预训练权重和示例，代码与权重标注 Apache-2.0，默认每个体系输出 32 个构象的 mmCIF 集合。 团队报告，在替代构象评估中，OriDynamics 以 TM-score 为判据的双状态恢复成功率为 64.8%，高于 BioEmu 的 60.4% 和 BioEmu2 的 48.4%，在七种参评方法中居首；配体或蛋白伙伴加入后的结构响应按蛋白簇平均口径为 54.7%，高于 ESMFold2 的 46.9%。团队同时指出，精确恢复具体接触重排仍有提升空间。 验证范围限于上述三类蛋白相关体系；抗体界面、无序区域以及温度、溶液、膜环境等条件仍需更丰富数据。官方资料尚未给出可直接比较的速度与最低显存基准。输出构象无时间排序，不赋予构象间转换以物理时间。
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报道时间线
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LGLab Frontier AI Group 于 2026 年 11 月 9 日发布 OriDynamics 预印本，用自编码器、潜空间流模块与扩散精修模块生成蛋白单体、蛋白–小分子和蛋白–蛋白复合物的全原子构象集合。
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上海交大郑双佳团队在arXiv发布并开源全原子多构象生成模型OriDynamics，统一处理蛋白单体、蛋白—小分子与蛋白—蛋白复合物。上海交大李磊团队在《Nature Communications》提出链即提示框架设计抗菌脂肽，46条设计脂肽中44条有体外活性。Isomorphic Labs推出药物设计引擎IsoDDE，称可在2至4天内自主完成分子设计搜索。
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临港实验室郑双佳团队在 arXiv 发布 OriDynamics，将蛋白单体、蛋白—小分子和蛋白—蛋白复合物纳入统一的全原子构象集合生成框架，先探索代表构象再采样局部波动。
- AI4Protein临港实验室开源OriDynamics全原子分子构象集合生成模型
临港实验室AI团队提出并开源OriDynamics，一个面向蛋白质单体、蛋白–小分子和蛋白–蛋白复合物的统一全原子构象集合生成框架，通过潜在集合分解将全局构象探索与局部全原子采样分层建模。
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