FoldX界面ΔΔG随起始结构漂移，学习型预测器稳定

一项针对戊二酰辅酶A脱氢酶（同源四聚体）的预印本研究显示，FoldX计算的界面ΔΔG会随起始结构变化，而学习型界面预测器SAAMBE-3D基本不受影响。作者Ekmekci等以258个ClinVar错义变异为对象，对其中124个致病性变异计算ΔΔG，再取18个变异在三个分子动力学快照上重算。 在随机选取的界面变异上，晶体结构值与松弛帧均值的中位偏移为1.38 kcal/mol，距接触面至少10 Å的变异仅0.20 kcal/mol（Mann-Whitney p=0.0130）；三组内部的帧间波动则无显著差异（Kruskal-Wallis p=0.385）。作者据此认为，这种不稳定性主要是FoldX自身的性质。 同一批18个变异、同样四个结构上，SAAMBE-3D在界面处的中位变化为0.075 kcal/mol，远离界面处为零。研究还报告，ThermoMPNN在四聚体上指定链选择器时，全部7,800个扫描位点的输出与孤立单体相同。

AI 根据报道生成 · 14 天前更新