三种结构模型病毒纳米抗体表位预测基准评测

研究团队以 AlphaFold3 训练截止后沉积的病毒抗原-纳米抗体复合物为数据集，基准评测了 Boltz-2、Chai-1 和 AlphaFold3 三种结构预测模型的表位预测表现。以界面 DockQ>0.23 为成功标准，AlphaFold3 单种子成功率为 33%，每靶 10 个和 100 个种子时分别升至 50% 和 65%；Boltz-2 与 Chai-1 分别为 18% 和 30%。 研究还报告，采用严格的 ipTM 阈值 0.8，或 ipTM≥0.6 结合 CDR3 环 pLDDT≥60，可排除错误预测并保留多数成功预测；抗原多聚体状态的选择和 N-糖基化的纳入，视靶点不同可能对表位预测成败起决定性作用。

AI 根据报道生成 · 6 天前更新

还没有足够的连续观测数据，暂不绘制趋势。