Bonbon分子相互作用基础模型预印本发布

Adi Mashiach 等作者发布预印本，提出分子相互作用基础模型 Bonbon：仅用约 3.2 万亿 token 的蛋白-配体配对序列训练，不使用任务专用监督，也不使用结构坐标。作者称，该模型在单一表示空间中零样本涌现出功能（作用机制）、残基（结合位点定位，含正构与别构区分）和键（共价与非共价结合）三个层级的能力，且三者都能泛化到分布外复合物。 在覆盖 7 个蛋白家族的 9 个疾病靶点前瞻性湿实验验证中，作者报告 Bonbon 对从头设计化合物的剂量-反应命中率为 61.5%，得到此前未被报道能抑制这些蛋白的结构新颖分子，其中包含分布外靶点。作者还称，同一冻结表示在结合与亲和力预测上达到最先进水平，速度比共折叠方法快五个数量级。上述效果均为预印本作者自述，尚待同行评审确认。

AI 根据报道生成 · 2 天前更新