72,199个蛋白–配体复合物检索资源发布
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72,199个蛋白–配体复合物检索资源发布
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AI 综述
Kari, Hemanth 等人发布了一套检索资源，覆盖 Protein Data Bank 中 72,199 个蛋白–配体复合物。每个复合物包含 1,280 维口袋嵌入、2,048 位 RDKit Morgan 配体指纹以及 HDF5 坐标。口袋嵌入的做法是：对配体 8 Å 范围内结合位点残基的 ESM-2 末层表示取均值，并按单条链计算，而不是把所有聚合物链拼接起来计算。 配体指纹取自理想化的 Chemical Component Dictionary 条目，因此结合同一组分的复合物共享指纹；72,199 行中共有 26,619 个不同指纹。资源为口袋和配体两种模态分别提供 FAISS 索引，因为两者回答的问题不同：仅用口袋检索时，81.2% 的查询能在第 1 位找回同一 UniProt 的复合物；而仅用配体检索在化学型搜索中信号更强。
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最新进展11月4日 16:42
研究发布72,199个蛋白–配体复合物的口袋与配体嵌入检索资源报道时间线
沿着报道，了解事件的不同侧面。
11月4日
- ChemRxiv Preprints精选研究发布72,199个蛋白–配体复合物的口袋与配体嵌入检索资源
该工作发布覆盖 Protein Data Bank 中 72,199 个蛋白–配体复合物的检索资源，每个复合物含 1,280 维口袋嵌入、2,048 位 RDKit Morgan 配体指纹及 HDF5 坐标。
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