蛋白质口袋间能迁移什么？分子优化中的经验复用与智能体结构药物设计

该研究分析一次基于LLM智能体的结构药物设计运行日志，检验以编辑位点接触、动作和轮次为键的经验库能否在未见过的CrossDocked2020测试集口袋上区分改善与变差的编辑。结果显示这种区分主要由编辑对分子大小的改变、动作和轮次解释，均不描述靶点；直接给出靶点身份时区分度高出数倍。在评估的精确匹配描述中，更具体的描述很少复现，较粗的描述区分度有限，可迁移信号主要描述编辑及其生成的分子而非靶点。