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ChemRxiv Preprints· Grzetic, Douglas J·· 1 天前精选AI 评分58

耗散粒子动力学粗粒化力场的自动映射与参数化方法

Automated Mapping and Parameterization of Coarse-Grained Force Fields for Dissipative Particle Dynamics

AI 导读

作者提出一种耗散粒子动力学粗粒化模型的自动映射与参数化流程,将分子表示为图并把重原子基团收缩为粗粒化粒子,同时约束特定官能团保持完整。力场参数通过类迭代玻尔兹曼反演拟合键、角与非键势,使价键几何与对分布函数积分匹配全原子参考模拟。对454个简单有机化合物自动计算辛醇-水分配系数,与实验值的相关系数为0.92;该方法还在一个纳米乳药物制剂中复现了实验观察到的液滴尺寸。

推荐理由

该预印本把粗粒化映射与力场参数化自动化,并用454个化合物的分配系数与实验对照给出可迁移的验证方式。

来源:ChemRxiv Preprints · chemrxiv.org