AI制药日报|大分子/小分子/虚拟细胞多项研究进展
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法,在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token,在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示,五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线,但同物种内优势有限。
研究团队用肽条形码、尺寸排阻色谱与质谱结合的混合方法,在大肠杆菌统一生产条件下量化了超过39000个天然蛋白结构域变体、从头设计蛋白和纳米抗体的单体产量。AtomLM-9b以全原子结构分词器将生物分子几何压缩为离散结构token,在CASP14和CASP15上全原子lDDT分别为0.832和0.835。单细胞基础模型基准评测显示,五种模型在跨物种注释与扰动预测上优于简单基线,但同物种内优势有限。
本期日报收录谷歌DeepMind的Antigravity化学信息学技能演示,智能体可整理文献与分子数据、调用化学工具分析并协助提出待验证设计方案,官方称部分原需多天的工作可在约一小时内完成,但设计结果仍须实验验证。
Valence Labs 的 Jason Hartford 介绍其 ICML 论文 f-Trajectory Balance,提出一族损失函数用于微调 GFlowNets、生成模型和 LLM,并支持离策略与在策略数据。
推荐理由:作者从损失函数角度解释生成模型探索与利用的权衡,为分子生成和 LLM 微调提供可迁移的方法视角。
Valence Labs @ Recursion 的 Ihab 在文章中讨论显微图像深度学习模型究竟学到了什么,指出在部分细胞培养显微任务中,多个已训练模型的表现与未训练网络和像素统计等简单基线相近,说明基准分数中有一部分信号并不需要高层生物学表征。
推荐理由:作者结合自身基准测试经验,讨论显微图像模型何时学到真实生物学信号、何时依赖技术捷径,并提出可解释基线的设计思路。